本周最新文獻(xiàn)速遞20210418

一

文獻(xiàn)題目： Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney

不想看英文題目： snRNA-seq 和 snATAC-seq 分析重新定義成人腎臟細(xì)胞異質(zhì)性

雜志和影響因子： Nat Commun( 12.121 1區(qū) )

研究意義： 腎臟由多個不同亞群的細(xì)胞類型組成午绳，整合snRNA-seq和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)，深入了解成人腎臟細(xì)胞的異質(zhì)性赞别。

樣本信息： 對五例（男性汰瘫，n ?= 3 窗慎；女性，n ?= 2）健康的成年腎臟樣本進(jìn)行snRNA-seq 和 snATAC-seq 分析，年齡在50至62歲之間扇苞。

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結(jié)論：

1）利用 snRNA-seq 數(shù)據(jù)檢測到近端腎小管（PT）据某，壁層上皮細(xì)胞（PEC）橡娄，遠(yuǎn)端腎小管（DCT1，DCT2）等多種細(xì)胞類型癣籽；

2）snATAC-seq 和 snRNA-seq 均可提高細(xì)胞異質(zhì)性的檢測能力挽唉；

3）使用 snATAC-seq 分析，發(fā)現(xiàn) 27,034 個細(xì)胞中有 214,890 個染色質(zhì)可及性區(qū)域筷狼；

4）使用 R 包 Signac 檢測特定細(xì)胞類型的染色質(zhì)可及性差異瓶籽，發(fā)現(xiàn) 20％ 的染色質(zhì)可及性差異區(qū)域（DAR）與差異表達(dá)基因顯著相關(guān)；

5）大多數(shù) DAR 位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn) 3 kb 內(nèi)的啟動子區(qū)域埂材，此外還發(fā)現(xiàn)塑顺，DAR 不一定調(diào)控最近的基因；

6）使用 chromVAR 推測轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的染色質(zhì)可及性俏险，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子“活性”可表征單個細(xì)胞類型茬暇，比如轉(zhuǎn)錄因子 HNF4A 表征近端腎小管細(xì)胞類型首昔；

7）使用 GATK 鑒定具有等位基因特異性表達(dá)（ASE）基因，發(fā)現(xiàn) 401 個基因中糙俗，有 84 個基因具有ASE勒奇，且這些ASE基因在特定細(xì)胞類型富集；

等位基因特異性表達(dá)（ASE）指的是來自父母雙方的等位基因表達(dá)水平差異很大巧骚，比如基因轉(zhuǎn)錄水平全部或很大一部分來自于父母其中一方赊颠。見鏈接：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/12883135.html

8）轉(zhuǎn)錄組和染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)共同揭示了髓質(zhì)厚升支的細(xì)胞異質(zhì)性以及發(fā)現(xiàn)了引起異質(zhì)性的轉(zhuǎn)錄因子；

9）進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn) VCAM1 為近端小管亞群的分子標(biāo)記物劈彪，其表達(dá)水平受 NF-κB 調(diào)控竣蹦。利用缺血再灌注損傷實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn) VCAM1 與急性腎損傷有關(guān)沧奴；

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33850129/

doi: 10.1038/s41467-021-22368-w

公開的資料：

snRNA-seq：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE131882
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE151302

cis-coaccessibility networks and cell-specific differentially accessible chromatin：
https://genome.ucsc.edu/s/parkercwilson/control_celltype_cr

Kidney Interactive Transcriptomics：
http://humphreyslab.com/SingleCell/

snRNA-seq 和 snATAC-seq的可視化和注釋結(jié)果：
https://cellxgene.cziscience.com/collections/9b02383a-9358-4f0f-9795-a891ec523bcc

代碼：
https://github.com/p4rkerw/Muto_Wilson_NComm_2020

二

文獻(xiàn)題目： Brain proteome-wide association study implicates novel proteins in depression pathogenesis

不想看英文題目： 人腦蛋白質(zhì)組關(guān)聯(lián)分析揭示抑郁癥相關(guān)的新型蛋白質(zhì)

雜志和影響因子： Nat Neurosci（20.071 1區(qū)）

研究意義： 抑郁癥是一種常見的精神疾病痘括，目前的療法僅對部分人有效。為了找到新的治療靶標(biāo)滔吠，通過整合全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）數(shù)據(jù)（N = 500,199）和人腦蛋白質(zhì)組（N = 376）數(shù)據(jù)纲菌，對抑郁癥表型進(jìn)行蛋白質(zhì)組關(guān)聯(lián)分析（PWAS），鑒定新的蛋白質(zhì)疮绷。

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結(jié)論：

1）PWAS 分析鑒定了 24 個抑郁癥相關(guān)的蛋白質(zhì)翰舌，整合 FUSION、SMR 和 HEIDI 發(fā)現(xiàn)其中19個可能通過順式調(diào)控的蛋白質(zhì)水平影響抑郁癥冬骚；

2）在復(fù)制隊(duì)列中對上面發(fā)現(xiàn)的24個基因進(jìn)行驗(yàn)證椅贱，9個基因被成功復(fù)制；

3）對發(fā)現(xiàn)隊(duì)列和重復(fù)隊(duì)列進(jìn)行薈萃分析只冻，鑒定了38個抑郁癥相關(guān)的蛋白質(zhì) (FDR q?<?0.05) 庇麦，GeNets 和 PPI 分析發(fā)現(xiàn)這些蛋白質(zhì)富集在肌萎縮性側(cè)索硬化、鈣信號傳導(dǎo)喜德、擴(kuò)張型心肌病等通路上女器；

4）對神經(jīng)質(zhì)、體重指數(shù)（BMI）和經(jīng)調(diào)整腰臀比的BMI（WHRadjBMI）進(jìn)行了PWAS住诸，發(fā)現(xiàn)神經(jīng)質(zhì)鑒定的蛋白質(zhì)與抑郁癥有較高的重合度（24%），而 BMI 和 WHRadjBMI 與抑郁癥重合的蛋白質(zhì)較少（分別為 2% 和 3%）涣澡，說明 PWAS 鑒定的抑郁癥蛋白質(zhì)具有特異性贱呐；

5）在 mRNA 水平上對 PWAS 鑒定的抑郁癥蛋白質(zhì)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn) 11 個基因的 mRNA 水平和蛋白質(zhì)水平均與抑郁癥相關(guān)入桂；

6）對 PWAS 鑒定的蛋白質(zhì)進(jìn)行細(xì)胞類型富集分析奄薇，發(fā)現(xiàn)主要富集在抑制性神經(jīng)元和興奮性神經(jīng)元中；

7）與文獻(xiàn)報道的抑郁癥 GWAS 結(jié)果相比抗愁，PWAS 鑒定了 20 個之前在 GWAS 中沒有達(dá)到顯著水平的基因馁蒂，說明 PWAS 具有發(fā)現(xiàn)抑郁癥新蛋白質(zhì)的潛力呵晚；

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33846625/

doi: 10.1038/s41593-021-00832-6

公開的資料：

Phenotypic, proteomic and transcriptomic data：
https://adknowledgeportal.org/

pQTL analysis, protein weights and transcript weights：
https://doi.org/10.7303/syn24872746

三

文獻(xiàn)題目： Persistent variations of blood DNA methylation associated with treatment exposures and risk for cardiometabolic outcomes in long-term survivors of childhood cancer in the St. Jude Lifetime Cohort

不想看英文題目： 兒童癌癥幸存者血液DNA甲基化的持續(xù)變化與癌癥治療暴露和心臟代謝風(fēng)險相關(guān)

雜志和影響因子： Genome Med（10.675 1區(qū)）

研究意義： 癌癥治療會大大增加兒童癌癥幸存者的健康風(fēng)險，目前研究對其潛在表觀遺傳學(xué)機(jī)制比較有限沫屡。

樣本描述: 2052名歐洲血統(tǒng)癌癥幸存者（中位年齡為33.7歲）,DNA甲基化類型為MethylationEPIC BeadChip

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結(jié)論：

1）通過表觀基因組關(guān)聯(lián)研究（EWAS）鑒定了 935 個 CpG 位點(diǎn)饵隙、538 個基因/區(qū)域（p ?< 9 × e-8）與治療暴露相關(guān)；

2）在治療暴露相關(guān)的 CpG 位點(diǎn)中沮脖，與肥胖相關(guān)的有 8 個金矛，與高膽固醇血癥相關(guān)有 63 個，與高甘油三酯血癥相關(guān)的有 17 個（錯誤發(fā)現(xiàn)率校正后 p 值 <0.05）勺届。

3）四個獨(dú)立 CpGs 位點(diǎn)（cg06963130驶俊，cg21922478，cg22976567免姿，cg07403981）甲基化水平介導(dǎo)腹腔放療（abdominal-RT）和高膽固醇血癥風(fēng)險（70.3％）饼酿，三個 CpGs 位點(diǎn)（cg19634849，cg13552692 cg09853238）介導(dǎo)腹腔放療與高甘油三酯血癥之間的關(guān)聯(lián)（54.6％）胚膊，三個 CpG 位點(diǎn)（cg26572901故俐，cg12715065，cg21163477）部分介導(dǎo)了腦部放療與肥胖之間的關(guān)聯(lián)（32.9％）澜掩，cg22351187 介導(dǎo)了皮質(zhì)類固醇與肥胖之間的關(guān)聯(lián)（14.2％）购披，cg13360224 介導(dǎo)了腦部放療與高甘油三酸酯血癥之間的關(guān)聯(lián)（10.5%）；

4）以上結(jié)果說明治療相關(guān)的 CpG 位點(diǎn)可能介導(dǎo)了癌癥治療暴露和心臟代謝風(fēng)險的因果關(guān)系肩榕；

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33823916/

doi: 10.1186/s13073-021-00875-1

公開的資料：

DNA甲基化：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE169156

四

文獻(xiàn)題目： siGCD: a web server to explore survival interaction of genes, cells and drugs in human cancers

不想看英文題目： siGCD: 系統(tǒng)篩選基因刚陡、細(xì)胞和藥物間預(yù)后交互作用的在線分析和展示工具

雜志和影響因子： Brief Bioinform（8.99 2區(qū) ）

結(jié)論：

1）siGCD巧妙的利用腫瘤異質(zhì)性帶來的多樣性，用計算的手段模擬了基因操作株汉、細(xì)胞浸潤和藥物作用筐乳，方便研究者系統(tǒng)篩選三者中兩兩預(yù)后交互作用；

2）siGCD內(nèi)置了TCGA乔妈、DrugBank和CellMarker等多個數(shù)據(jù)資源蝙云，提供了良好的用戶交互界面；

3）siGCD專注于因子交互分析路召，特別是支持細(xì)胞和藥物水平分析使其明顯區(qū)別于現(xiàn)有的預(yù)后分析工具勃刨，將廣泛應(yīng)用于腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療的多個場景，如基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn)股淡，藥物敏感標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)身隐，聯(lián)合藥物設(shè)計，細(xì)胞間交互作用等唯灵；

siGCD網(wǎng)址： http://sigcd.idrug.net.cn/

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文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33822887/

doi: 10.1093/bib/bbab058

本人（橙子牛奶糖贾铝，即陳文燕）必須在此說明，如果有任何重大的錯誤，無論是文字上或意義上的垢揩，完全都是我的責(zé)任玖绿。然而雖然我非常歡迎批評，但是我想那只會浪費(fèi)你寶貴的時間叁巨。── 摘自《正見》