跟著Cell學(xué)作圖 | Proteomaps圖
REFERENCES
Harel M, Ortenberg R, Varanasi SK, Mangalhara KC, Mardamshina M, Markovits E, Baruch EN, Tripple V, Arama-Chayoth M, Greenberg E, Shenoy A, Ayasun R, Knafo N, Xu S, Anafi L, Yanovich-Arad G, Barnabas GD, Ashkenazi S, Besser MJ, Schachter J, Bosenberg M, Shadel GS, Barshack I, Kaech SM, Markel G, Geiger T. Proteomics of Melanoma Response to Immunotherapy Reveals Mitochondrial Dependence. Cell. 2019 Sep 19;179(1):236-250.e18. doi: 10.1016/j.cell.2019.08.012. Epub 2019 Sep 5. PMID: 31495571; PMCID: PMC7993352.
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讀圖
蛋白質(zhì)組圖顯示蛋白質(zhì)組的定量組成津畸，重點(diǎn)關(guān)注蛋白質(zhì)的功能徙瓶。它們是根據(jù)蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)和KEGG通路基因分類自動(dòng)建立的晨炕。每個(gè)蛋白質(zhì)用一個(gè)多邊形表示，功能相關(guān)的蛋白質(zhì)排列在共同區(qū)域霜旧。為了強(qiáng)調(diào)高表達(dá)的蛋白質(zhì)箱沦，多邊形區(qū)域代表蛋白質(zhì)豐度，以蛋白質(zhì)大小加權(quán)。
本文的圖顯示锐想，TIL(tumor infiltrating lymphocyte )治療 和Anti- PD1(pro-grammed death 1) 治療的有反應(yīng)組(Responders)和無反應(yīng)組(Non-responders)的差異蛋白(DEPS)的KEGG富集情況。圖譜顯示TIL處理后DEPS的KEGG通路與抗PD1處理的DEPS的KEGG通路高度相似
示例數(shù)據(jù)
使用兩列tsv格式(TAB分隔)乍狐。第一列為基因名稱/蛋白質(zhì)uniprot ID痛倚，第二列為相對面積大小/豐度值。兩列之間以TAB分隔澜躺。
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