在進行背景校正的時候漆撞,出現(xiàn)報錯
y <- backgroundCorrect(x, method="normexp")
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘backgroundCorrect’ for signature ‘"EListRaw"’
查找到徐洲更的解決報錯方案
「Debug R」報錯"unable to find an inherited method for function"是如何產生的
想著函數出錯的原因:1挫鸽、未加載相應的包
2、包中函數互相沖突
3华烟、其中一個包的函數屏蔽了另外的包中的函數
然后搜索了一下在我的R中存在兩個包有“backgroundCorrect”函數
image.png
之后看到小潔的文章中說使用的是limma包裁眯,而解螺旋老師給的oligo函數是處理昂飛芯片的,于是使用limma包中的函數
y <- limma::backgroundCorrect(x, method="normexp")
出現(xiàn)了小潔老師文章中的數據奥洼,算是解決了一個問題赤套。
小潔老師處理安捷倫芯片原始數據文章鏈接
aglient芯片原始數據處理