發(fā)表雜志： Frontiers in Oncology
PMID: 34079761
m6A與免疫之間的存在著哪些愛(ài)恨糾葛银觅？查閱m6A的生信文章發(fā)現(xiàn)量蕊，大部分是構(gòu)建預(yù)后模型宴猾，是否存在不構(gòu)建模型的纵潦。那必須存在呀
Abstract
作者收集了22個(gè)m6A調(diào)節(jié)的核心基因偶房，將其與estimate方法計(jì)算的結(jié)果進(jìn)行相關(guān)性分析摆寄，結(jié)合差異分析結(jié)果莲祸，選取ALKBH5和YTHDF1作為下一步研究對(duì)象。第一部分（GET Module）：根據(jù)這兩個(gè)基因椭迎，分為2個(gè)亞型锐帜。第二部分（COMP Module）：隨后針對(duì)亞型進(jìn)行比較分析，GO分析畜号、免疫分析（ESTIMATE缴阎、ssGSEA和Cibesort、immunomodulatory drug's targets）简软、somatic mutation蛮拔、TMB、錯(cuò)配基因和POLE痹升。第三部分（RUN Module）：亞型差異分析建炫，WGCNA得到14個(gè)免疫相關(guān)基因（GO分析、PPI疼蛾、相關(guān)性分析肛跌、ESTIMATE、免疫細(xì)胞相關(guān)性）察郁。最后GSE38592模型驗(yàn)證衍慎。
整體路線
結(jié)果
1.免疫相關(guān)m6A-regulators和分子分型
計(jì)算immune Score和m6A regulators之間的相關(guān)性，并挑選正相關(guān)和負(fù)相關(guān)最大的ALKBH5和YTHDF1進(jìn)行下一步的分子分型皮钠。
2.分型周邊
2.1 分型與臨床特征
2.2 GSEA+CIBERSORT+ssGSEA+ESTIMATE
2.3 免疫調(diào)節(jié)因子
2.4 基因突變+TMB+mismatch repair/PLOE
3.亞型核心基因
利用WGCNA計(jì)算與ESTIMATE最相關(guān)的核心基因稳捆，并進(jìn)行富集分析，同時(shí)將hub gene與ESTIMATE和ssGSEA結(jié)果求相關(guān)性麦轰。
4.GEO數(shù)據(jù)集證實(shí)分型結(jié)果
5.臨床樣本驗(yàn)證
收集12對(duì)CRC臨床樣本乔夯，簡(jiǎn)單驗(yàn)證ALKBH5和YTHDF1的表達(dá)。
總結(jié)
生信分析款侵，不一定非要構(gòu)建預(yù)后模型末荐，根據(jù)某些基因分成不同的亞型后，對(duì)亞型周邊進(jìn)行不同層面的分析喳坠，并結(jié)合臨床樣本驗(yàn)證鞠评，同樣能收到意想不到的效果。
參考鏈接：
Potential Impact of ALKBH5 and YTHDF1 on Tumor Immunity in Colon Adenocarcinoma
