該軟件可以自動(dòng)從序列中提取ITS1偿凭、ITS2、5.8S的序列并標(biāo)注位置，下面是這款軟件的安裝與使用方法寒屯。
第一步 拼接核糖體基因組
cd /home/monkeyflower/bioworkplace/test
conda activate getorganelle
get_organelle_from_reads.py -1test.1.fastq.gz -2 test.2.fastq.gz -F embplant_nr -o test -R 10 -t 2 -k 35,85,115
#轉(zhuǎn)到工作目錄，再激活getorganelle,在進(jìn)行核糖體基因組拼接。
第二步 下載ITSx安裝包
cd /home/monkeyflower/biosoft
wget -c https://microbiology.se/sw/ITSx_1.1.2.tar.gz
tar -zxvf ITSx_1.1.2.tar.gz
#先轉(zhuǎn)到/biosoft文件夾寡夹，再下載并解壓縮ITSx处面。解壓縮的文件夾里包含了ITSx, ITSx_db, user’s guide, README.txt , license.txt這幾個(gè)文件與文件夾。
第三步 安裝軟件
cd /home/monkeyflower/xiaodeng
mkdir /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/ITSx_db /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/ITSx /home/monkeyflower/xiaodeng/bin
#轉(zhuǎn)到自己的工作目錄菩掏；再創(chuàng)建一個(gè)bin文件魂角，用來存放ITSx的二進(jìn)制命令；再將ITSx_db和ITSx移動(dòng)到bin文件夾中智绸。
第四步 添加到環(huán)境變量
vim ~/.bashrc
a
#按a進(jìn)入編輯模式
export PATH=/home/monkeyflower/xiaodeng/bin:$PATH
Esc
#按Esc鍵退出編輯
:wq
#輸入:wq保存
source ~/.bashrc
#激活環(huán)境
第五步 測試
mv /home/monkeyflower/biosoft/ITSx_1.1.2/test.fasta /home/monkeyflower/bioworkplace/AAA
#將測試文件移動(dòng)到工作目錄
ITSx -i test.fasta -o test
#報(bào)錯(cuò)：-bash: /home/monkeyflower/xiaodeng/bin/ITSx: 權(quán)限不夠
ls -l
#發(fā)現(xiàn)ITSx的權(quán)限為-rw-rw-r--野揪，權(quán)限較低。
chmod 775 ITSx
#更改權(quán)限為-rwxrwxr-x
ITSx -i test.fasta -o test
#再次測試成功传于。
第六步 結(jié)果文件解讀
結(jié)果會(huì)產(chǎn)生6個(gè)文件囱挑；包括匯總文件1個(gè)，ITS亞區(qū)詳細(xì)位置表格1個(gè)沼溜，graph文件1個(gè)平挑，完整ITS序列文件1個(gè)，ITS1和ITS2區(qū)域的FASTA文件各1個(gè)系草。此外通熄，如果發(fā)現(xiàn)不包含任何ITS區(qū)域的序列，也會(huì)寫出代表這些條目的序列ID列表找都。其中.ITS1.fasta唇辨、.ITS2.fasta就是我們所需要的序列。
也有更加簡單的安裝方式能耻，直接conda install -c bioconda itsx赏枚。但有時(shí)候就喜歡折騰折騰自己
總結(jié)起來，就是先將核糖體基因組拼接好晓猛，再用ITSx進(jìn)行提取饿幅，核心的兩條命令是
get_organelle_from_reads.py -1test.1.fastq.gz -2 test.2.fastq.gz -F embplant_nr -o test -R 10 -t 2 -k 35,85,115
#拼接核糖體基因
ITSx -i test.fasta -o test
#提取ITS序列
