前面已經(jīng)給大家介紹過m6A甲基化的一些基本概念以及m6A的檢測方法
也給大家分享過一些m6A相關(guān)的發(fā)文套路
當(dāng)然我們也會分享一些m6A數(shù)據(jù)分析相關(guān)的干貨
?corrplot展示m6a甲基化基因表達(dá)相關(guān)性
?m6a甲基化相關(guān)基因根據(jù)臨床信息分組繪制boxplot并顯示p值
在?RNA m6A檢測方法一文中我們介紹了MeRIP-qPCR這種方法藻雪。在第四步中我們提到IP下來的RNA需要用隨機(jī)引物進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄渊涝，而第四步中設(shè)計的引物用的是特異性引物，這個大家要注意區(qū)分和甄別。有人可能會比較好奇，這個特異性引物是怎么設(shè)計的。首先我們需要確定m6A究竟發(fā)生在mRNA上的什么位置，接下來才能確定究竟應(yīng)該在哪里放特異性引物。
下圖是一個m6A位點在mRNA上的分布圖镰绎，可以看出m6A修飾傾向于富集在終止密碼子附近。當(dāng)然在5‘UTR和編碼區(qū)也有木西。
以上只是一個大規(guī)模的統(tǒng)計結(jié)果畴栖，那么針對于不同的mRNA，m6A位點究竟存在于什么位置呢八千？今天就給大家介紹一個免費在線預(yù)測哺乳動物m6A修飾位點的網(wǎng)站SRAMP吗讶。
網(wǎng)址：http://www.cuilab.cn/sramp
1. 首先進(jìn)入SRAMP網(wǎng)頁
點擊“Prediction”按鈕
2. 選擇預(yù)測的模型
左邊的“Full transcript mode”在對編碼和非編碼RNA進(jìn)行預(yù)測時燎猛，建議使用此模式。 注意照皆，在該模式中重绷，應(yīng)使用完整轉(zhuǎn)錄物（具有內(nèi)含子）而不是成熟mRNA / cDNA序列的基因組序列。而對于沒有完整基因組序列的用戶來說膜毁，可以選擇右側(cè)的“Mature mRNA mode”昭卓，這種預(yù)測模式是一種備選解決方案，相對來說預(yù)測的準(zhǔn)確性不如左邊的瘟滨，該模型適用于成熟mRNA（cDNA）序列葬凳，不能預(yù)測內(nèi)含子中的m6A位點。
我們用網(wǎng)站默認(rèn)的test1(TROVE2)序列演示一下室奏，后面的選項都是默認(rèn)的，點擊“Submit”就可以預(yù)測序列的m6A結(jié)合位點了劲装。
3. 預(yù)測結(jié)果
有兩個結(jié)合位點胧沫，在“Decision”列中可以看出預(yù)測的兩個結(jié)合位點具有很高的可信度。SRAMP網(wǎng)站提供了幾個閾值：99 %/95%/90%/85%占业，分別對應(yīng)very high/high/moderate/low的自信度绒怨，當(dāng)然我們一般都挑選“very high”啦。預(yù)測結(jié)果是按照“Position”位置排序的谦疾，所以還需要綜合各個位點“Score”情況南蹂。
SRAMP網(wǎng)站還提供了RNA二級結(jié)構(gòu)m6A位點結(jié)合預(yù)測功能，寫材料念恍，發(fā)文章六剥，有個圖不是更加美觀？針對于這個功能峰伙，網(wǎng)站默認(rèn)選項是“NO(default)”疗疟，我們選擇“YES(much slower)”,然后點擊“Submit”就行，計算過程需要花更多的時間瞳氓，這個取決于提交序列的長度策彤。
預(yù)測結(jié)果
點擊“Draw”，RNA二級結(jié)構(gòu)m6A位點預(yù)測圖就出來了
SRAMP網(wǎng)站運算速度比較慢匣摘，如果需要預(yù)測的序列較多店诗，有一臺不錯的電腦，可以自行下載SRAMP tool（壓縮包大概2G）音榜，同時安裝R語言和Perl語言就可以運算了庞瘸。
SRAMP算是一個不錯的網(wǎng)站，界面相當(dāng)簡潔赠叼，由北京大學(xué)創(chuàng)建的恕洲；下面兩個m6A甲基化預(yù)測的網(wǎng)站都是由中山大學(xué)創(chuàng)建的塔橡。
（1）RMBase v2.0
網(wǎng)址：http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/
（2）m6Avar
網(wǎng)址：http://m6avar.renlab.org
