一、分類
1.按技術(shù)的發(fā)展
1.1 第一代測序，又稱Sanger測序
2.1 第二代測序（Next-gereration sequencing，NGS）
3.1 第三代測序
2.按測序樣本種類
2.1 基因組（核酸序列）
（1）全基因組測序（Whole genome sequencing，WGS）
（2）全外顯子測序（Whole exon sequencing，WES）
（3）簡化基因組測序（Reduced-Representation Genome Sequencing绷杜，RRGS）
2.2 轉(zhuǎn)錄組（基因表達）
（1）mRNA-Seq：mRNA測序
（2）lncRNA-Seq：長鏈非編碼RNA測序
（3）sRNA-Seq：小RNA測序
二直秆、第一代測序
1.原理
Sanger雙脫氧終止法、毛細管電泳法
2.測序平臺
ABI 3730鞭盟、ABI 3500等
3.優(yōu)點
讀長較長（可達1000 bp）圾结，準(zhǔn)確率高（可達99.999%），是測序的金標(biāo)準(zhǔn)
4.缺點
通量低齿诉、成本高
三筝野、第二代測序
1.原理
邊合成邊測序法、可逆鏈終止法粤剧、連接測序法歇竟、焦磷酸測序法
2.測序平臺
Illumina HiSeq：邊合成邊測序法、可逆鏈終止法
Life Tech：連接測序法
SOLiD：連接測序法
Roche 454：焦磷酸測序法
3.優(yōu)點
通量高抵恋、成本低焕议、時間短、準(zhǔn)確率也較高
4.缺點
讀長短（不超過600bp）弧关，樣本制備繁瑣
5.Illumina測序流程
Illumina平臺采用邊合成邊測序（Sequencing by Synthesis盅安，SBS）方法唤锉，用不同顏色的熒光標(biāo)記四種不同的dNTP，當(dāng)DNA聚合酶合成互補鏈時别瞭，每添加一種dNTP就會釋放不同的熒光窿祥，計算機捕捉熒光信號并處理，最終獲得DNA的序列信息蝙寨。
5.1 DNA文庫構(gòu)建
將DNA用超聲波打斷成碎片（300-500bp）晒衩，用酶補平末端，3'端加一個A堿基籽慢，在DNA兩端均加上adapter浸遗、index（又稱為baccodes）、terminal sequence
5.2 生成簇（Cluster）
（1）將構(gòu)建好的文庫上樣至flowcell的lane上箱亿，使文庫緊密地結(jié)合在lane表面上的接頭
（2）通過橋式PCR跛锌，在lane上形成大量的Cluster
5.3 測序
每個Cluster一次添加一個熒光標(biāo)記的dNTP，每添加一個dNTP讀取一次熒光届惋，計算機檢驗出相應(yīng)的堿基
5.4 數(shù)據(jù)分析
（1）數(shù)據(jù)初步分析：用fastqc軟件進行質(zhì)量分析
（2）數(shù)據(jù)過濾（針對接頭序列和低質(zhì)量序列）：常用Trimmomatic
（3）多樣本質(zhì)控：multiqc
四髓帽、第三代測序
1.原理
1.1 實時單分子測序技術(shù)
中心思想是邊合成邊測序，反應(yīng)控制在一個DNA母板鏈脑豹、一個DNA聚合酶郑藏、一個相對封閉的反應(yīng)空間，不同熒光標(biāo)記的堿基添加上母板顯示不同的熒光
1.2 納米孔單分子通道技術(shù)
這個技術(shù)的核心是設(shè)計出允許單個堿基通過的蛋白納米孔通道瘩欺，每種堿基通過通道時對通道電流和兩側(cè)電壓產(chǎn)生不同影響必盖。通過檢測電信號判斷堿基的類型。
2.測序平臺
PacBio：實時單分子測序
Oxford Nanopore：納米孔單分子通道測序
3.優(yōu)點
讀長長（1000-10000 bp）俱饿，樣本制備較簡單
4.缺點
準(zhǔn)確率較低（錯誤率可達到15%）歌粥，是三種測序方法中準(zhǔn)確率最低的
五、測序數(shù)據(jù)格式
1.Fastq格式
一般有4行：
第1行：@+序列ID+描述（可選）
第2行：堿基序列
第3行：+描述信息
第4行：序列質(zhì)量評價
2.Fasta格式
3.Genebank格式
4.EMBL格式
六枣购、總結(jié)
