密碼子（codon）是指信使RNA（mRNA）分子中每相鄰的三個核苷酸編成一組，在蛋白質(zhì)合成時，代表某一種氨基酸的規(guī)律饼灿。
? 信使RNA在細胞中能決定蛋白質(zhì)分子中的氨基酸種類和排列次序其掂。信使RNA分子中的四種核苷酸（ATCG）的序列能決定蛋白質(zhì)分子中的20種氨基酸的序列缤底。而在信使RNA分子上的三個堿基能決定一個氨基酸嗅定。
? 起始密碼子（iniation codon）：指定蛋白質(zhì)合成起始位點的密碼子自娩。最常見的起始密碼子是甲硫氨酸或纈氨酸密碼。
一渠退、不同生物的密碼子使用偏好不同
? 三聯(lián)密碼子一共有4×4×4=64個椒功，而構成生物的氨基酸僅有20個（外加1個終止密碼子）。這意味著智什，有許多密碼子，編碼著同一個氨基酸丁屎。比如說荠锭，UUA、UUG晨川、CUU证九、CUC、CUA和CUG均編碼亮氨酸共虑。這種現(xiàn)象愧怜，稱為密碼子的簡并性。
? 但這是否意味著妈拌，生物可以隨便更換密碼子拥坛、反正只要編碼同一個氨基酸就好呢蓬蝶？
? 并不是！
? 不同生物使用各種密碼子的頻率猜惋，是不同的丸氛。同樣是編碼亮氨酸，在釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中著摔，使用UUU缓窜、UUA和UUG的幾率是最高的，每1000個密碼子中谍咆，這三個密碼子就會出現(xiàn)大于26次禾锤。而在人類（Homo sapiens）中，使用UUA編碼亮氨酸的概率是比較低的摹察，每1000個密碼子中只會出現(xiàn)不到8次恩掷。這種現(xiàn)象，稱為密碼子使用偏好性（codon usage bias）港粱。
? 如果隨意更換同義的密碼子螃成，會產(chǎn)生各種問題。比如說查坪，同樣都是編碼亮氨酸寸宏，假如將UUA換成CUG，就會顯著改變GC比偿曙。這不光會影響基因組的穩(wěn)定性氮凝，還會導致轉錄出來的mRNA的二級結構發(fā)生變化。同時望忆，由于密碼子偏好與tRNA池是共進化的罩阵，因此，更換了同義的密碼子启摄，而tRNA基因或者豐度卻沒有隨著發(fā)生變化的話稿壁，就會影響蛋白質(zhì)的翻譯速度。再有歉备，由于蛋白質(zhì)是可以邊翻譯邊折疊的傅是。因此，翻譯速度的變化蕾羊，也會影響蛋白質(zhì)的折疊喧笔。
? 目前，有一些人類疾病龟再，被認為與DNA的同義突變（synonymous mutations）具有相關性书闸。
? 這同時也告訴我們，在實驗中利凑，如果想在A生物中表達B生物的蛋白浆劲，往往需要考慮密碼子的優(yōu)化嫌术，將B生物的基因DNA序列，改成適合A生物的密碼子使用偏好梳侨，否則表達效率會降低蛉威，甚至表達不出來。
二走哺、核基因組與線粒體蚯嫌、葉綠體基因組使用的密碼子表不同
? 是的，你沒看錯丙躏，線粒體和核基因組所使用的密碼子表择示，是存在差異的。原因就是在標準的密碼子表中晒旅，AGA和AGG編碼精氨酸栅盲，但在脊椎動物的線粒體中，這兩個密碼子卻是終止密碼子废恋。而標準密碼子表中的終止密碼子UGA谈秫，在脊椎動物的線粒體中，卻是編碼色氨酸鱼鼓。
? 所以拟烫，我們?nèi)cbi做orf的時候，必須要根據(jù)基因的類別選擇密碼子
? 最常用就是通用的迄本，比如選擇1.
但是如果是做線粒體硕淑，那就要選擇5.無脊椎線粒體密碼子編碼
