2022-06-30 RNA Velocity 分析之scVelo

這篇文章主要介紹做RNA Velocity需要怎么做，至于原理請(qǐng)參考原文章

在做RNA速率之前需要先準(zhǔn)備loom文件，換句話說(shuō)就是要完成RNA速率分析需要兩步：（兩個(gè)軟件 velocyto和scVelo）

直接上代碼宿崭，① 第一步執(zhí)行
velocyto run10x -m repeat_msk.gtf mypath/sample01 somepath/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf
其中 repeat_msk.gtf 去這里下載
genes.gtf是基因組注釋文件释牺。去10X官網(wǎng)上下載也行愿阐。你當(dāng)時(shí)跑cellRanger肯定會(huì)在官網(wǎng)下載一個(gè)參考基因組的文件（人類的大概是10G的一個(gè)文件微服，大概叫這個(gè)名字 refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0.tar.gz），這個(gè)文件就在你當(dāng)時(shí)下載的文件的reference目錄下的gene文件夾下
然后就會(huì)生成一個(gè)velocoty的文件夾缨历，要用的loom文件就在這里面

②這一步就跟著這里做就好了

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