Conda
- Conda是什么
Conda 是一個開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)哀澈，用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關(guān)系，并在它們之間輕松切換碍庵。簡單的可以把conda認為是linux系統(tǒng)中的app store
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conda & miniconda & anaconda來自公眾號-生信星球
- 安裝conda
uname -a #查看服務(wù)器是多少位
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝 miniconda
#按照要求按enter 或輸入yes
source ~/.bashrc #激活conda
conda
- 添加頻道
官方頻道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
使用conda
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conda listconda軟件列表 -
conda search 軟件名用conda搜索軟件 -
conda install 軟件名 -y用conda安裝軟件映企， 【-y是yes悟狱，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes】 -
conda remove 軟件名 -y用conda卸載軟件
conda環(huán)境
http://www.reibang.com/p/edaa744ea47d
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conda env list或conda info --envs用于查看當前conda環(huán)境 - 創(chuàng)建新環(huán)境
conda create -n rna-seq python=3 -y
#-n 設(shè)置新環(huán)境名稱 即 rna-seq
# python=3 指定新環(huán)境的python的版本，非必須參數(shù)
# -y 跳過yes步驟
4.【存疑堰氓？挤渐？？】 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 再次查看conda環(huán)境
- 激活該環(huán)境
conda activate rna-seq
7.退出當前環(huán)境
conda deactivate - 刪除環(huán)境
conda remove -n 環(huán)境名稱 --all -
可以看到在不同的環(huán)境中用戶名root前面的[ ]內(nèi)有不同的顯示双絮；而當查看conda環(huán)境時浴麻，可以看到 *所在位置即為當前所在環(huán)境
conda環(huán)境的變換
