clusterProfiler 是一個在 R 語言中用于功能注釋分析和可視化的強大工具吗氏。它提供了多種方法來分析和解釋高通量生物學(xué)數(shù)據(jù)集晌该。gseKEGG 和 enrichKEGG 是 clusterProfiler 包中的兩個主要函數(shù)虹菲，用于不同類型的分析憋肖。以下是它們在用法和結(jié)果上的主要區(qū)別：
用法
enrichKEGG：
目標(biāo)： KEGG 通路富集分析。
輸入： 一個基因列表胰苏，通常是差異表達(dá)的基因列表硕蛹。
方法： 采用超幾何檢驗或其他統(tǒng)計方法，評估在給定基因列表中，某個 KEGG 通路是否顯著富集法焰。
示例代碼：
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db) # 人類基因注釋數(shù)據(jù)庫
gene_list <- c("gene1", "gene2", "gene3", ...) # 你的基因列表
enrich_result <- enrichKEGG(gene = gene_list, organism = 'hsa')
gseKEGG：
目標(biāo)： KEGG 基因集富集分析 (GSEA)僵腺。
輸入： 排序的基因列表，通澈埃基于基因表達(dá)變化的大小排序辰如。
方法： 采用基因集富集分析（GSEA），評估在整個基因排序列表中贵试，某個 KEGG 通路是否顯著富集琉兜。
示例代碼：
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db) # 人類基因注釋數(shù)據(jù)庫
gene_list <- sort(c("gene1" = 1.5, "gene2" = -2.0, "gene3" = 0.5, ...), decreasing = TRUE) # 排序的基因列表
gse_result <- gseKEGG(geneList = gene_list, organism = 'hsa')
結(jié)果
enrichKEGG 的結(jié)果：
返回一個包含顯著富集 KEGG 通路的信息表格。
主要輸出包括通路 ID毙玻、描述豌蟋、富集的基因數(shù)、背景基因數(shù)桑滩、p 值梧疲、調(diào)整后的 p 值等。
可以通過 barplot, dotplot, cnetplot 等函數(shù)進行可視化运准。
gseKEGG 的結(jié)果：
返回一個包含顯著富集 KEGG 通路的信息表格幌氮，以及富集得分（ES）、歸一化富集得分（NES）胁澳、p 值该互、調(diào)整后的 p 值等。
結(jié)果還包含每個通路在基因排序列表中的富集曲線韭畸。
可以通過 gseaplot, ridgeplot, cnetplot 等函數(shù)進行可視化宇智。
主要區(qū)別
分析方法：
enrichKEGG 適用于特定基因列表，使用超幾何檢驗等方法檢測顯著富集的通路胰丁。
gseKEGG 適用于排序的基因列表随橘，使用基因集富集分析（GSEA）檢測顯著富集的通路。
輸入類型：
enrichKEGG 需要一個基因列表锦庸。
gseKEGG 需要一個排序的基因列表机蔗。
結(jié)果解讀：
enrichKEGG 結(jié)果中每個通路的顯著性是基于輸入基因列表中的富集情況。
gseKEGG 結(jié)果中每個通路的顯著性是基于整個排序基因列表中的富集情況酸员。
總結(jié)來說蜒车，enrichKEGG 更適合于分析已經(jīng)篩選出的差異表達(dá)基因，而 gseKEGG 更適合于分析整個基因表達(dá)變化的排序列表幔嗦。這兩個函數(shù)提供了不同角度的功能注釋分析酿愧，可以互補使用。
