hello刑赶，大家好，今天給大家分享一個新的技術(shù)懂衩，就是利用10X空間轉(zhuǎn)錄組同時獲得轉(zhuǎn)錄組信息和TCR(BCR)信息撞叨，其實(shí)剛做10X空間轉(zhuǎn)錄組就有此想法，因?yàn)檫@樣得到的信息非常重要勃痴。
重要性
- 1谒所、10X單細(xì)胞既然無從知道空間位置，那也就無從真正判斷TCR（BCR）是否浸潤腫瘤組織沛申，當(dāng)然，有了很多方法進(jìn)行推斷姐军，但是铁材，也是有根據(jù)的“猜”，就像科學(xué)家們都推斷火星的地質(zhì)活動已經(jīng)停止了奕锌，不會產(chǎn)生地?zé)嶂酰牵€是要發(fā)探測器深入火星一探究竟惊暴，推斷和事實(shí)饼丘，不能畫等號。
- 2辽话、10X空間轉(zhuǎn)錄組插上TCR（BCR）的翅膀肄鸽，如虎添翼，對于研究腫瘤組織意義重大油啤，我們可以很明確的得到浸潤腫瘤組織的免疫細(xì)胞的config典徘，對于研究而言，如獲至寶啊益咬，彌補(bǔ)單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析上的不足逮诲。
- 3 、也是我個人覺得最為關(guān)鍵的一點(diǎn)，指導(dǎo)臨床運(yùn)用梅鹦，如果我們富集能夠浸潤腫瘤組織免疫細(xì)胞的config作為靶向治療裆甩，是不是可以攻克腫瘤難關(guān)？齐唆？嗤栓？當(dāng)然，這是粗淺的想法蝶念，如果有一天我能夠創(chuàng)業(yè)抛腕，有實(shí)力主導(dǎo)這些，那我一定不會放過這樣的機(jī)會媒殉，但是目前我只是一個默默無聞的小人物担敌，也只能記錄下來，等待有緣人能夠?qū)崿F(xiàn)廷蓉。
這項(xiàng)技術(shù)的文章在Localization of T cell clonotypes using spatial transcriptomics,我們來分享一下全封，其實(shí)我早就有想法，因?yàn)?0X空間轉(zhuǎn)錄組的文庫和10X單細(xì)胞是差不多的桃犬，那么單細(xì)胞測VDJ的那一套完全可以套用一下刹悴，細(xì)節(jié)部分稍作修改。
技術(shù)的目的
we present a method to determine localization of specific T cell clones by obtaining T cell receptor (TCR) sequences from spatial transcriptomics assays攒暇。
10X空間轉(zhuǎn)錄組的技術(shù)原理土匀，這個大家都應(yīng)該很熟悉了，不必多說了形用。關(guān)鍵是如何獲得空間位置上的CDR3序列就轧。
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To generate cDNA molecules containing both the CDR3 region of the TCRβ as well as the UMI and spatial barcodes containing the location information, TCRβ amplification must occur with primers at the 5’ end of the TCR. Since the TCRβ constant region is 3’ to the CDR3, a pool of variable (TRBV) gene primers is required to generate cDNA molecules containing both the CDR3 and spatial information. To generate human libraries（一個文庫）, we added a partial Read 2 sequence 5’ to a set of 45 human TRBV primers（這個作者自己設(shè)計(jì)的）. PCR was performed with this pool of modified TRBV primers and a Read 1 primer using amplified cDNA from the Visium assay as template to generate TCR-enriched libraries（基本和單細(xì)胞測VDJ的思路是一樣的）. While the standard Visium gene expression protocol calls for fragmentation of the cDNA library,TCR-enriched libraries generated here cannot be fragmented without losing linkage between TCR and spatial barcode sequence. Thus, the TCR-enriched cDNA library was cleaned with bead purification and directly subjected to sample index PCR for multiplexed paired-end sequencing .(跟我最初的想法差不多，這部分是核心，測序策略仍舊是PE150)。
作者同時也跟相同類型樣本的單細(xì)胞測序結(jié)果進(jìn)行了比較分析久锥。
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作者也總結(jié)了這個技術(shù)的一些優(yōu)勢。
- 腫瘤研究乎莉，這個的重要性不必多說
- the localization of T cell clones in germinal centers or other lymphoid tissues may also be of interest.
- This method should be generalizable to TCRα sequences by using primer pools specific for TRAV genes。
- 當(dāng)然奸笤，也可以獲取BCR的空間位置惋啃。
方法部分大家一定要好好看看，如果你是實(shí)驗(yàn)研發(fā)人員揭保，并且有能力肥橙，那這個產(chǎn)品的前景非常高。
工作久了秸侣，才真正的發(fā)現(xiàn)存筏，機(jī)會太多了宠互，奈何自身沒條件，每一個機(jī)會都能實(shí)現(xiàn)財(cái)富自由椭坚，可惜都為別人做了嫁衣予跌。
生活很好，有你更好
