今天分享一篇TCGA數據挖掘（miRNA）+細胞功能實驗發(fā)文思路的文章糖声，這篇于2021年2月21日在World J Surg Oncol上發(fā)表斤彼。這篇文章的思路大體如下：通過TCGA數據挖掘和利用PCR進行驗證miR-378a-5p的表達并且進行相關細胞功能實驗分析分瘦，探索該miRNA的下游作用機制蘸泻。參考文章來源：PMID: 33608020 PMCID: PMC7896405 DOI:
10.1186/s12957-021-02166-w。
文章題目：miR-378a-5p inhibits the proliferation of colorectal cancer cells by downregulating CDK1
研究背景：
MicroRNA（miRNA）在腫瘤發(fā)生中起重要作用嘲玫。在這項研究中悦施，研究了miR-378a-5p和CDK1在結直腸癌（CRC）中的作用。
研究方法：
分別通過TCGA數據庫和qRT-PCR大分析miR-378a-5p在結直腸癌病理組織去团、結直腸癌細胞系中的表達抡诞。我們進行了細胞功能實驗（CCK-8試驗，EdU試驗土陪，集落形成試驗昼汗，傷口愈合試驗，transwell試驗鬼雀，細胞凋亡評估和細胞周期評估）和裸鼠腫瘤形成實驗顷窒，以評估m(xù)iR-378a-5p在體內和體外的增殖、轉移源哩、侵襲的作用鞋吉。接下來，通過TCGA數據庫励烦，病理組織的免疫組織化學染色和細胞功能實驗谓着，通過數據庫預測驗證了miR-378a-5p的靶基因CDK1的作用，并在大腸癌細胞中進行了雙重熒光素酶報告基因實驗坛掠。最后赊锚，通過CDK1的過表達研究了CDK1的上調是否能恢復miR-378a-5p的過表達對CRC細胞增殖的抑制作用治筒。
研究結果：
生物信息學分析表明結直腸癌（CRC）中miR-378a-5p水平顯著下調。細胞功能實驗和腫瘤異種移植小鼠模型證實了miR-378a-5p在CRC組織中的低表達舷蒲，這表明miR-378a-5p在CRC中具有抑癌作用矢炼。為了更好地探索miR-378a-5p在CRC中的調控，我們預測并驗證了細胞周期依賴性蛋白激酶1（CDK1）作為miR-378a-5p靶標基因阿纤，并觀察到miR-378a-5p通過抑制CRC細胞增殖定位到CDK1句灌。
研究結論：
這項研究的結果有助于闡明miR-378a-5p可以用作抑制結直腸癌和CDK1生長的腫瘤標志物的機制，這與結直腸癌患者的預后有關欠拾。MiR-378a-5p通過抑制CDK1表達來抑制CRC細胞增殖胰锌，而CDK1表達可能成為治療CRC的可能治療靶標。
分析內容：
1藐窄、通過TCGA數據和qRT-PCR測得的臨床樣本以及細胞系發(fā)現miR-378a-5p在CRC中的表達水平較低
2资昧、通過EdU試驗，傷口愈合試驗荆忍，transwell試驗發(fā)現miR-378a-5p阻礙了CRC的增殖和遷移潛能
3格带、miR-378a-5p在異種移植小鼠模型中促進結直腸細胞凋亡并抑制腫瘤生長
4、通過TargetScan預測miR-378a-5p的靶基因刹枉，發(fā)現CDK1可以作為其靶基因叽唱，CDK1在CRC組織中高表達
5、利用qRT-PCR測得CDK1在細胞系中高表達微宝，并且通過CCK-8試驗發(fā)現CDK1促進CRC細胞增殖和遷移
6棺亭、通過WB、集落形成試驗蟋软、細胞凋亡評估镶摘、細胞周期評估發(fā)現CDK1的上調恢復了過表達的miR-378a-5p對CRC細胞增殖的抑制作用
