Kegg通路或者GO本體論富集分析是基因功能注釋最常見(jiàn)的分析鸦采，結(jié)果可以以多種形式展示，最常用的包括：條形圖/bar圖咕幻，氣泡圖/dot圖等渔伯，其中氣泡圖輸入數(shù)據(jù)一般包括以下4個(gè)維度的信息：
名字，富集倍數(shù)（或者gene?ratio）谅河，P值咱旱，基因count确丢。
例如：
pathwayenrichmentpvaluecount
RNA transport4.8072586411.56E-0515
Epstein-Barr virus infection4.5692617482.70E-0516
HTLV-I infection3.8146165210.00015324417
Tuberculosis3.4541809410.00035141413
MAPK signaling pathway3.3781315810.00041866716
Neurotrophin signaling pathway3.2121029710.00061361710
Long-term potentiation3.0000352660.0009999197
Dopaminergic synapse2.9670264550.00107888110
Endocytosis2.8413167310.00144106415
Herpes simplex infection2.7752191730.00167795712
?????????????????????4維分析結(jié)果
做出來(lái)的例圖如下（微生信平臺(tái)免費(fèi)在線(xiàn)做氣泡圖）
富集氣泡圖
該圖包含的4維信息有：
1.Y軸的通路名（pathway，結(jié)果表格的第一列）
2.X軸的富集倍數(shù)（enrichment吐限，結(jié)果表格的第二列）
[3.點(diǎn)的顏色（P值鲜侥，結(jié)果表格的第三列）
4.點(diǎn)的大小（count诸典，該通路中包含的基因與輸入基因列表交集的基因數(shù)）描函。
其中基因的信息就丟失了，那么我們能否將基因的信息也加入到圖中呢狐粱？答案是肯定的舀寓！
讓我們先來(lái)看看5維的分析結(jié)果，以clusterProfiler結(jié)果為例：
DescriptionGeneRatiopvaluegeneIDCount
Circadian rhythm0.0140850.010497623RORA/RORB2
NOD-like receptor signaling pathway0.0281690.03303255CASP8/TRIP6/MAPK8/CASP14
PPAR signaling pathway0.0281690.008761306CD36/AQP7/LPL/CYP4A114
Viral myocarditis0.0281690.009484362CASP8/MYH7/SGCB/SGCD4
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM)0.0422540.014532337MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A16
Dilated cardiomyopathy0.0422540.020924238MYH7/MYL2/MYL3/SGCB/SGCD/SLC8A16
Osteoclast differentiation0.0492960.034284302LILRB5/MAPK8/FHL2/FCGR1A/IFNGR2/FOS/LILRB37
Phagosome0.0492960.018180176TUBA3D/THBS4/SFTPD/CD36/FCGR1A/TUBA3E/DYNC1I17
Huntington's disease0.0563380.001736229TBPL1/CASP8/VDAC3/CREB5/PPID/CLTB/NDUFA12/GRIN2B8
5維分析結(jié)果
根據(jù)這里的基因肌蜻，我們可以在氣泡圖的基礎(chǔ)上互墓，添加一個(gè)基因維度，列出基因名字蒋搜。若下圖所示（瞬間眼前一亮有沒(méi)有）?
升級(jí)版的5維富集氣泡圖
該圖左側(cè)為基因篡撵，右側(cè)為常規(guī)的氣泡圖。
包含的5維信息有：
1.Y軸的通路名（pathway豆挽，結(jié)果表格的第一列）
2.X軸的基因ratio（gene?ratio育谬，結(jié)果表格的第二列）
3.點(diǎn)的顏色（P值，結(jié)果表格的第三列）
4.基因名字（結(jié)果表格的第四列帮哈，圖中左側(cè)的桑吉圖膛檀，連線(xiàn)表示隸屬關(guān)系）
5.點(diǎn)的大小（count娘侍，結(jié)果表格的第五列）
秉承一貫簡(jiǎn)潔的作用咖刃，微生信平臺(tái)支持直接輸入數(shù)據(jù)，就可以做出來(lái)這張桑吉?dú)馀輬D私蕾，嘗鮮版僵缺，趕緊試試吧！
