富集分析簡介
富集分析（Enrichment Analysis）是生物信息學(xué)研究中最常用的統(tǒng)計(jì)方法，主要應(yīng)用于分析高通量實(shí)驗(yàn)（如基因芯片、RNA-Seq、蛋白質(zhì)組學(xué)等）所獲得的基因或蛋白質(zhì)表達(dá)數(shù)據(jù)。其目的是發(fā)現(xiàn)在特定生物學(xué)條件下，哪些基因集或通路表現(xiàn)出顯著的表達(dá)變化厌衙。通過這種方法，研究者可以初步分析基因可能參與的生物學(xué)過程或信號通路，為理解基因功能和疾病機(jī)制提供了重要的視角。
常見的富集分析基因集包括：GO讨衣、KEGG歹茶、Reactome禽作、DO等。富集分析工具包括：DAVID、KOBAS、enrichR、metascape、panther、clusterprofiler等。
富集分析結(jié)果表格一般包括：term名，pvalue/padj裸诽，基因數(shù)，ratio/rich factor等列，常以氣泡圖亮航，條形圖展示重抖。
樹圖
今天我們使用漸變樹圖（tree map）來展示富集結(jié)果。
樹圖（treemap）是一種用于展示層次結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的可視化技術(shù)莫绣。圖中矩形大小表示term的基因數(shù)掩宜；顏色表示-log10(p)慧瘤；矩形的位置顯示了數(shù)據(jù)的層次關(guān)系怔匣，例如粗線將圖分成了左右兩組金闽。由于人們對顏色更加敏感挤庇，將富集term文字和顏色放在一起能夠在一定程度上突出顯著的結(jié)果昆咽。
1汇在，打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_gradient_color_treemap_plot_246
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。
示例數(shù)據(jù)包括4列：
第1列：富集term
第2列：pvalue（-log10轉(zhuǎn)換）软啼，用于顏色映射
第3列：基因數(shù)，跟矩形面積成正比
第4列（可選）：分組钓葫。使用粗線作為邊框豆同，分組繪制
3枣抱，輸入檢查
Ctrl+A選中示例數(shù)據(jù)轿秧，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼到輸入框。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過，請根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟览祖，直到檢查通過（如下圖所示），然后可以繼續(xù)往下進(jìn)行舔清。
注：輸入檢查是新加功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)主儡，并給出提示，確保數(shù)據(jù)符合模塊要求榕栏。
4，參數(shù)選擇
圖片大小：圖片寬度卖氨，圖片高度
文字大小及顏色：矩形說明文字（富集條目名字）的字體大小，顏色沃缘；標(biāo)題文字說明及顏色锄蹂；圖例標(biāo)題和圖例文字字體大小
漸變顏色：-log10(p)映射的低顏色和高顏色掀亩，越高p值越顯著
邊線的寬度及顏色：若包括第4列分組抬驴，則使用粗線作為邊線分組展示
字體：Times New Roman和Arial字體
使用NPG(nature publishing group)配色方案進(jìn)行配色豌拙。
5况芒，提交出圖
檢查通過压汪，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕待德，約5s后君丁，會(huì)在頁面上呈現(xiàn)富集結(jié)果漸變樹圖預(yù)覽。我們提供了pdf将宪，svg兩種矢量圖绘闷，png，tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用较坛。其中矢量圖可以使用acrobat illustrator進(jìn)行編輯印蔗、組圖等。
繪圖技巧：由于矩形面積大小是根據(jù)第3列計(jì)算的丑勤，因此若第3列基因數(shù)差別太大华嘹，則最小的矩形上可能不能顯示文字，請使用acrobat illustrate編輯處理法竞。
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