本篇文章學(xué)習(xí)、解析的內(nèi)容來自《Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp Provide Insights into Fig-Wasp Coevolution》
該文章于2020年發(fā)表在Cell上（坦哥疏之，我滴超人）。
講了一個(gè)榕樹與榕小蜂協(xié)同進(jìn)化（co-evolution）的故事。
Illumina short reads SNP calling
非常normal的一套流程贪染，也就是使用3個(gè)female smaple和3個(gè)male sample對(duì)SNP calling，
對(duì)于X-specific SNP和Y-specific SNP的判斷，文章中給出的描述如下稠诲，
- SNPs were only homozygous in female individuals -> X specific locus
- SNPs were heterozygous and only existed in male samples -> Y specific locus
我畫個(gè)示意圖來幫助理解，
在完成組裝的情況下（沒有phasing的情況下）诡曙，將全基因組測序回帖到參考基因組上臀叙，會(huì)呈現(xiàn)如下的樣子，即X和Y都有价卤，
最終在VCF文件中呈現(xiàn)的樣子劝萤，此處也是不考慮由X和Y染色體的rearrangement事件等所產(chǎn)生的SNP位點(diǎn)。
Pacbio reads phasing
Long reads phasing實(shí)際上和short reads是一樣的荠雕，
- 先將經(jīng)過correction的序列使用minimap2比對(duì)到參考基因組上
- 再使用WhatsHap這個(gè)軟件以BAM和VCF文件作為輸入文件稳其，鑒定phased SNP block WhatsHap這個(gè)軟件最初也還是為human genome設(shè)計(jì)的，因此也就不適用于polyploid 此處輸入的VCF炸卑，是sample genotype為“0/1”的SNP既鞠，最終做phasing的目的，也就是為了將這些SNP對(duì)應(yīng)X又或者是Y給區(qū)分開來
得到blocks之后盖文，需要根據(jù)該blocks上屬于X還是Y染色體的SNP多少（舉個(gè)例子嘱蛋，超過70%都是屬于X chromosome的SNP，則判斷該reads屬于X染色體）五续，來判斷該SNP blocks的關(guān)系洒敏，最終再進(jìn)一步根據(jù)這些blocks將PacBio long reads給分配到X又或者是Y上。
Note：sex-Phase是直接根據(jù)輸入的BAM文件來進(jìn)行的cluster疙驾，因?yàn)锽AM文件包含reads信息凶伙。
可能很多人看到這會(huì)覺得很懵，但是把SNP blocks直接理解為共線性區(qū)塊的鑒定也是是非常好理解了它碎，
即anchor gene pairs的鑒定 ->syntenic chromosome blocks
De novo assembly of X and Y chromosomes
到這一步函荣，就已經(jīng)比較清晰明了了，
- CANU
- ALLHiC
就可以將X和Y chromosome給組裝出來了扳肛。
sex-Phase github link：https://github.com/tangerzhang/sexPhase
寫個(gè)后話
由于自己本身對(duì)sex chromosome evolution的方向還是保留著興趣傻挂，同時(shí)也對(duì)evolution genomics、domestication等問題挖息，因?yàn)橹参镏械男詣e實(shí)在是太“詭異”了金拒，不僅有雌雄同體、雌雄異體等等套腹，所以才寫了這一篇筆記绪抛。
做技術(shù)很重要，但是如何構(gòu)思一個(gè)好的科學(xué)問題以及如何利用技術(shù)來解決問題电禀，這個(gè)更加重要睦疫，技術(shù)永遠(yuǎn)是手段。繼續(xù)加油吧鞭呕。
