前面推文已經(jīng)把家族基因的成員確定了香璃，現(xiàn)在對這些成員做一些基本的分析这难，包括1.理化性質(zhì)分析、親/疏水性葡秒，有無信號肽/跨膜結(jié)構(gòu)域和亞細(xì)胞定位姻乓。做成表格，其他分析大都圖片形式）2.基因染色體分布情況3.基因結(jié)構(gòu)分析（外顯子內(nèi)含子分布及數(shù)量）眯牧、基序分布和保守結(jié)構(gòu)域分析（與確定家族成員重復(fù)蹋岩，可視化更為直觀，如果家族基因數(shù)量不多可以把兩張圖合并）学少。
1. 基因家族成員基本分析：A.理化性質(zhì)的分析（分子量剪个，等電點(diǎn)，不穩(wěn)定指數(shù)版确，總平均親水性扣囊，脂肪指數(shù)等，根據(jù)自己分析需要整理）B.親疏水性 C.跨膜區(qū)分析 D.信號肽預(yù)測 E.亞細(xì)胞定位
B.https://web.expasy.org/protparam/ （在理化性質(zhì)的結(jié)果頁面GRAVY數(shù)值顯示绒疗，預(yù)測蛋白質(zhì)中所有氨基酸的親水性值總和÷氨基酸殘基數(shù)量）侵歇。
https://web.expasy.org/protscale/（結(jié)果圖片形式顯示，縱坐標(biāo)Score吓蘑，大于0表示疏水性惕虑，小于0表示親水性）。
C.http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/（結(jié)果頁面Number of predicted TMHs數(shù)值顯示有幾個磨镶，包括具體信息附有圖片）
D.https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP（結(jié)果頁面Prediction: Other）
E.http://cello.life.nctu.edu.tw/cgi/main.cgi（結(jié)果頁面顯示CELLO Prediction不同數(shù)值顯示）
2.基因染色體分布情況（簡單來說枷遂，栽培花生有20條染色體，基因家族成員在這些染色體上分布是否位于兩端?每條染色體上的數(shù)目是否一樣棋嘲，哪條染色體上基因家族成員的數(shù)量最多/少?）
（1）Graphics→Show Genes on Chromosome→Gene Location Visualize from GTF/GFF→拖入基因組注釋文件（.gff3/.gtf）和所有基因家族成員的基因ID（串聯(lián)重復(fù)基因有也可顯示）
（2）每條染色體上家族成員的數(shù)量可自行統(tǒng)計(jì)做圖，看對文章分析的重要和完整性而定
3.基因結(jié)構(gòu)分析矩桂、基序和保守結(jié)構(gòu)域分析（如果基因家族成員不多沸移，基因結(jié)構(gòu)，基序和保守結(jié)構(gòu)域和進(jìn)化樹可以合并可視化侄榴，從而對家族成員的鑒定進(jìn)行再次確認(rèn)）
（1）Graphics→Bio Sequence Structure Illustrator→Gene Structure View（Advanced）→拖入相應(yīng)準(zhǔn)備的文件雹锣，右側(cè)參數(shù)可以自行設(shè)置與摸索（根據(jù)自己分析需求選擇單一或整合模塊）。
需要準(zhǔn)備相應(yīng)文件：A.基因組注釋文件（顯示基因結(jié)構(gòu)分布）B.進(jìn)化樹的樹文本文件（MEGA進(jìn)行多序列比對后保存）C. MEME網(wǎng)站預(yù)測直接保存的基序分布文件mast.xml D. 保守結(jié)構(gòu)域文本文件需要自行整理（包含基因ID癞蚕、起始位置蕊爵、結(jié)束位置和結(jié)構(gòu)域名稱Gene/From/To/Short name）
家族成員基本性質(zhì)的分析涉及的圖片較多，保存時盡量選擇高分辨率以上（本人投稿雜志社要求彩圖在600dpi以上）桦山，不然返圖確實(shí)很麻煩攒射。
