文章信息
發(fā)表期刊：nature communications
發(fā)表日期：2023年2月14日
影響因子：14.7
研究背景
胃癌是世界上主要的癌癥類型之一虽缕。彌漫型胃癌(DGC)和腸型胃癌(IGC)是胃癌(GC)的主要組織學(xué)類型，DGC呈分散的細(xì)胞組織哼御，黏附差，細(xì)胞分化差，而IGC呈管狀或腺狀細(xì)胞組織，黏附連接緊密崔步，基質(zhì)成分較少。DGC和IGC不同的病理生理和分子特征提示其不同的致癌機(jī)制缎谷。盡管已有大量基因組和轉(zhuǎn)錄組研究揭示了胃癌的分子特征井濒，但DGC和IGC在分子病理學(xué)上的差異仍然不甚清楚，這限制了新生物標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)列林。
技術(shù)路線
研究目的
本文的研究目的是通過多層次的蛋白質(zhì)組分析瑞你，揭示DGC和IGC之間的分子多樣性，并進(jìn)一步推進(jìn)胃癌的精準(zhǔn)醫(yī)療希痴。
主要研究內(nèi)容
對196例患者的DGC和IGC進(jìn)行了多層次蛋白質(zhì)組分析
多層次蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)能夠全面探索GC組織和NATs（正常鄰近組織）之間蛋白質(zhì)表達(dá)的改變者甲。這些數(shù)據(jù)集可作為研究GC病理和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的資源。研究發(fā)現(xiàn)砌创，MAPK1虏缸、MAPK3和CDK1這三種激酶可以作為GC患者的潛在藥物靶點(diǎn)鲫懒。
ARID1A突變對DGC和IGC的影響不同
通過整合蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)ARID1A突變與DGC和IGC預(yù)后的不同影響—IGC中ARID1A突變的患者預(yù)后較好刽辙，而DGC中ARID1A突變的患者預(yù)后較差窥岩。這些結(jié)果表明，ARID1A突變在DGC和IGC中具有相反的預(yù)后作用扫倡。
胃癌蛋白質(zhì)組學(xué)亞型及其與臨床結(jié)果的關(guān)系
系統(tǒng)比較和共識聚類分析谦秧，識別了DGC和IGC的三個亞型。蛋白質(zhì)組學(xué)亞型顯示了DGC和IGC的蛋白質(zhì)特征與預(yù)后的相關(guān)性撵溃，為臨床患者分層和治療策略提供指導(dǎo)疚鲤。
TF活性譜及其臨床相關(guān)性
基于TF活性的亞型分析，發(fā)現(xiàn)SWI/SNF和NFKB復(fù)合體在DGC和IGC的疾病進(jìn)展中起調(diào)節(jié)作用缘挑；基于整合多水平蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)提出了DGC和IGC亞型中激酶-TF靶基因網(wǎng)絡(luò)集歇。
胃癌腫瘤的免疫特性
基于免疫細(xì)胞浸潤和免疫聚類，發(fā)現(xiàn)Th1/Th2比率是免疫治療有效性的指標(biāo)语淘。
研究結(jié)論
本研究對196例DGC和IGC患者進(jìn)行了多層次的蛋白質(zhì)組學(xué)分析诲宇，包括蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄因子(TF)活性譜惶翻。揭示了DGC和IGC在分子層面的差異姑蓝。結(jié)果表明，ARID1A突變在DGC和IGC中具有相反的預(yù)后作用吕粗》挠基于細(xì)胞周期、細(xì)胞外基質(zhì)組織和免疫反應(yīng)相關(guān)蛋白表達(dá)的不同模式颅筋，系統(tǒng)比較和共識聚類分析分別確定了DGC和IGC的三種亞型宙暇。基于TF活性的亞型表明议泵，DGC和IGC的疾病進(jìn)展受SWI/SNF和NFKB復(fù)合物的調(diào)節(jié)占贫。此外，免疫細(xì)胞浸潤和免疫聚集表明Th1/Th2比值是免疫治療效果的一個指標(biāo)先口，為免疫治療的有效性提供了新的預(yù)測指標(biāo)型奥。多層次蛋白質(zhì)組學(xué)分析使得對GC的理解更加全面，可以進(jìn)一步推進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)療碉京。
