可視化Visualization
Convert bam to BigWig
1. bam to bedGraph：bedGraph存放區(qū)間的坐標軸信息和相關(guān)評分的文件否过，一共包含四列：chromA, chromStartA, chromEndA, dataValue；
介紹用法:
bedtools genomecov [OPTIONS] [-i|-ibam] -g (iff. -i and not -ibam)
或者
genomeCoverageBed [OPTIONS] -ibam <bam>
可參考：genomecov — bedtools 2.30.0 documentation
開始啦~
bedtools genomecov -bg -ibam SRR13764806.bam | bedtools sort -i stdin > SRR13764806.bedgraph
-bg：Report depth in BedGraph format惩系；
-ibam：The input file is in BAM format.（Note: BAM must be sorted by position）
用循環(huán)輸出為bedgraph
vim bedgraph.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813 817
do
bedtools genomecov -bg -ibam SRR13764${i}.bam | bedtools sort -i stdin > SRR13764${i}.bedgraph
done
qsub -N bedgraph -cwd bedgraph.sh
#提交命令
2. bedgraph to BigWig
BigWig格式對于密集刻诊、連續(xù)的數(shù)據(jù)非常有用防楷，這些數(shù)據(jù)將在基因組瀏覽器中顯示為圖形。對于bigwig格式则涯，UCSC只接受URL鏈接复局，不能直接上傳文件。
wget https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/bigZips/hg19.chrom.sizes
下載hg19.chrom.sizes 文件粟判，總共有兩列亿昏，tab分割，第一列是染色體名稱chr档礁，第二列是染色體對應(yīng)的size角钩；
開始啦~
bedGraphToBigWig SRR13764806.bedgraph hg19.chrom.sizes SRR13764806.hg19.bw
#輸出為BigWig格式
用循環(huán)輸出為BigWig
vim BigWig.sh
#!/bin/bash
for i in 807 809 810 811 812 813 817
do
bedGraphToBigWig SRR13764${i}.bedgraph hg19.chrom.sizes SRR13764${i}.hg19.bw
done
Tracks路徑指基因組序列上的各類區(qū)域注釋信息，如基因區(qū)，外顯子递礼，組蛋白修飾等惨险。這些信息被分布于基因組序列下方，可以通過tracks查看相關(guān)基因序列的各類信息脊髓，并進行比較平道。
3. WashU Epigenome Brower
(https://epigenomegateway.wustl.edu/browser/) 是一個表觀遺傳組學(xué)相關(guān)的基因瀏覽器
首先加載對應(yīng)的參考基因組， hg19
上傳數(shù)據(jù) Tracks -local tracks -BigWig file type- choose track file
點擊鼠標右鍵可以更改圖形顏色
參考WashU Epigenome Brower,表觀遺傳組學(xué)相關(guān)基因瀏覽器介紹及使用方法數(shù)據(jù)庫使用指南實用技巧_科研星球 (51xxziyuan.com)
我的結(jié)果~
