作者，Evil Genius
禮拜天我們分享一個(gè)簡(jiǎn)單的內(nèi)容涉馅，空間細(xì)胞聚類與細(xì)胞微環(huán)境
為了表征細(xì)胞的區(qū)域細(xì)胞富集模式倘是，首先進(jìn)行聚類（注意是空間細(xì)胞聚類，需要先聯(lián)合分析）旷坦，識(shí)別空間域掏熬，這個(gè)時(shí)候每個(gè)群就是cellular ecosystems (Cell-Eco). These Cell-Eco are characterized by disinct cellular composiions and abundances across the issue samples
隨后，空間域細(xì)胞富集
分析方法秒梅，基于細(xì)胞類型比例的斑點(diǎn)聚類
首先旗芬，構(gòu)建一個(gè)細(xì)胞類型比例的矩陣。低于 10% 的細(xì)胞類型比例被過濾掉捆蜀，并認(rèn)為不具有生物學(xué)意義疮丛。過濾后，對(duì)spot進(jìn)行縮放漱办，以確保細(xì)胞比例的累積和為 100%这刷。使用Python 實(shí)現(xiàn)的基于圖形的聚類方法 Leiden 算法婉烟，在 R中基于相似的細(xì)胞組成識(shí)別spot cluster娩井。將聚類精度設(shè)置為 0.2的分辨率，因?yàn)椴煌姆直媛什粫?huì)改善聚類的生物學(xué)解釋似袁。根據(jù)leiden聚類結(jié)果洞辣，將spot標(biāo)記為細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)(Cell-Eco)。細(xì)胞類型意味著高于10%的細(xì)胞類型被認(rèn)為對(duì)Cell-Eco身份具有生物學(xué)意義昙衅。根據(jù)先前描述的每個(gè)Cell-Eco的細(xì)胞類型均值對(duì)spot進(jìn)行過濾和重新縮放扬霜。
