用TBtools下載核酸序列怎么分割?TBtools自帶fasta文件分割功能使用以及與腳本分割的對比

最近需要下載一些核酸序列征字,之前介紹的ncbi-genome-download好像不能滿足我的需要,于是使用TBtools進行下載娇豫。
打開TBtools>Sequence Toolkit>NCBI Sequence Fetch>Bulk NCBI Sequence Download

下載界面

粘貼accession號匙姜,設置好輸出文件夾和文件名,選擇對應的核酸格式即可冯痢,點擊Start.
下載得到一個fasta文件:
我這個是下好的氮昧,不是上圖示例的

然后打開Sequence Toolkit > Fasta tools > Merge and split
合并與分割界面

把要分割的fasta文件拖進右邊第一個框,輸出的文件夾拖到右邊第二個框浦楣,Split Mode選擇Record Per line袖肥,再點擊Start,即可振劳。
分割得到的文件

如果使用腳本的話椎组,則只需

python split_multi_fasta.py -m ec_virus.fasta

也可得到單獨每一個fasta文件:


分隔后文件

其實,使用命令行也很方便的历恐,當然圖形化界面能更直觀知道每一步該要什么寸癌,命令行只是把每一步輸入到命令里而已。用習慣了命令行夹供,其實也就不要害怕了灵份。

所用腳本
https://github.com/ramsainanduri/split_multi_fasta

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者
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