森嚴(yán)森語(yǔ):
最近的一些學(xué)習(xí)和經(jīng)歷注暗,讓我產(chǎn)生一種很強(qiáng)烈的認(rèn)知,那就是由于嚴(yán)重缺乏對(duì)身邊觸手可及的事物的了解坞琴,而導(dǎo)致在學(xué)習(xí)和生活過(guò)程中不能產(chǎn)生最大化的生產(chǎn)力鲸匿。常表現(xiàn)的一種具體的現(xiàn)象就是費(fèi)了很大的勁忙活半天達(dá)到的效果,在某種情況下分分鐘就可以搞定镊绪。
我把這歸結(jié)于缺乏對(duì)身邊事物的觀察和了解匀伏。畢竟很多時(shí)候我們沒(méi)有能力創(chuàng)造新的技術(shù)和方法,但是如果能把現(xiàn)有的工具和技術(shù)在合理規(guī)劃的情況下蝴韭,大部分情況下就已經(jīng)可以產(chǎn)生很強(qiáng)大的力量以滿足我們?cè)谏詈蛯W(xué)習(xí)中的需求够颠。
比如:對(duì)于汽車駕駛技術(shù)的深度了解和掌握;對(duì)于手機(jī)榄鉴、電腦等電子產(chǎn)品的深度了解和掌握履磨;對(duì)于科研儀器的原理和使用方法的基本了解和掌握;對(duì)于邏輯語(yǔ)言和一些常用軟件的基本認(rèn)知和使用等庆尘。
不知剃诅,所以就慢。
【進(jìn)入正題】對(duì)于DNAMAN這款軟件接觸較早驶忌,但很陌生矛辕,因?yàn)槲ㄒ婚L(zhǎng)期使用的一個(gè)功能就是多序列比對(duì),其他功能均為觸及付魔。后來(lái)了解到有很多軟件都可以進(jìn)行多序列比對(duì)后聊品,對(duì)于DNAMAN的使用次數(shù)就越來(lái)越少。于是几苍,這款軟件就在電腦的某個(gè)角落不知所措杨刨。
但是,打開這個(gè)軟件一看就知道它有很多功能擦剑。今天有空妖胀,就重新打開這個(gè)軟件對(duì)其涉及的基本功能進(jìn)行一一解鎖芥颈。
1、多序列比對(duì)
這里介紹3種導(dǎo)入序列的途徑赚抡。
1.1?從channel導(dǎo)入
這種方式只能單條序列導(dǎo)入爬坑,不推薦。
如需進(jìn)行多序列比對(duì)涂臣,需要逐一導(dǎo)入channel盾计。比如下面:
導(dǎo)入后進(jìn)行序列比對(duì)
比對(duì)結(jié)果如下,但是通常這種方式進(jìn)行的雙序列比對(duì)展示出來(lái)的結(jié)果不是很直觀赁遗。
于是署辉,可以采用多序列比對(duì)的方式進(jìn)行。
然后持續(xù)下一步即可岩四。
下面便是多序列比對(duì)結(jié)果:
1.2 從file導(dǎo)入
這種方式也只能在每個(gè)channel中單次導(dǎo)入一條序列哭尝,不推薦
1.3 將需要比對(duì)的序列保存為fasta格式的txt文本文檔,直接進(jìn)行多序列比對(duì)剖煌。推薦
下面一路下一步即可材鹦。
比對(duì)結(jié)束。
1.4 圖片導(dǎo)出前的一些設(shè)置
這里可對(duì)圖片進(jìn)行一些必要的設(shè)置耕姊。根據(jù)自身需要摸索即可桶唐。較為簡(jiǎn)單,不一一行演示茉兰。比如這里進(jìn)行如下設(shè)置尤泽。
1.5 然后導(dǎo)出
這里有兩種導(dǎo)出途徑
1.5.1 全局導(dǎo)出
下圖為導(dǎo)出結(jié)果:
1.5.2 局部導(dǎo)出
選擇需要展示的區(qū)間
2、酶切位點(diǎn)的分析
將需要分析的序列載入channel3规脸,方法同上
這里根據(jù)展示的需要自行設(shè)置即可
這里選擇幾個(gè)常用的酶切位點(diǎn)
結(jié)果如下:
這可以看到主要結(jié)果如下:
通過(guò)這個(gè)結(jié)果即可在質(zhì)粒構(gòu)建中選擇合適的酶切位點(diǎn)坯约。
3、引物設(shè)計(jì)
引物設(shè)計(jì)功能不推薦使用燃辖。
4鬼店、蛋白質(zhì)翻譯及相關(guān)
4.1 載入序列
4.2 翻譯
點(diǎn)擊工具欄-protein-translation
4.3 將蛋白序列載入channel4网棍,進(jìn)行進(jìn)一步分析
4.4 序列組分屬性
4.5?二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
4.6?跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)
4.7 信號(hào)肽預(yù)測(cè)
關(guān)于DNAMAN的基本使用就簡(jiǎn)單介紹到這里黔龟。