基因表達(dá)調(diào)控可以分為轉(zhuǎn)錄層面調(diào)控和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控（mRNA穩(wěn)定性/蛋白穩(wěn)定性等PTM修飾），對應(yīng)的就是過表達(dá)/激活B基因/蛋白或者敲降/抑制B基因/蛋白檢測A在mRNA和蛋白水平的改變胁艰。先看有沒有涩澡，再看在哪個層面：
1、如果mRNA層面有改變票摇，那么B應(yīng)該是直接或者間接影響了調(diào)控A基因轉(zhuǎn)錄的轉(zhuǎn)錄因子：1）直接調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子活性或者穩(wěn)定性拘鞋，進(jìn)而影響轉(zhuǎn)錄因子和順式作用元件的結(jié)合；2）間接調(diào)控順式作用元件染色質(zhì)局部的開放程度矢门，即表觀遺傳層面盆色，從而影響轉(zhuǎn)錄因子和順式作用元件的結(jié)合。此外祟剔，B也可能通過影響轉(zhuǎn)錄后mRNA的穩(wěn)定性來影響A的表達(dá)（可能性小隔躲，但是機(jī)制層面而言比較新穎），當(dāng)然這是在你排除了B對轉(zhuǎn)錄過程沒有影響之后才需要考慮的可能物延。確定了B對A轉(zhuǎn)錄的調(diào)控之后宣旱，可以查文獻(xiàn)或者利用ChIP-seq去找相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子，然后用ChIP和CoIP等實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證B和轉(zhuǎn)錄因子之間叛薯，以及B對轉(zhuǎn)錄因子和順式作用元件之間相互作用的影響浑吟。即闡明B-轉(zhuǎn)錄因子-順式作用元件（啟動子、增強(qiáng)子等）三者之間的關(guān)系耗溜。
2组力、如果mRNA沒有變，蛋白表達(dá)變了抖拴，那就是翻譯后修飾在從中作梗燎字。此時你要確定蛋白的穩(wěn)定性是變強(qiáng)還是變?nèi)酰ǔ４蠹叶紩玫鞍追g抑制劑和蛋白降解抑制劑來看看調(diào)節(jié)B之后，對蛋白A的穩(wěn)定性有沒有恢復(fù)效果轩触。確定有作用以后，還是查文獻(xiàn)或者用CoIP-質(zhì)譜找到能夠直接調(diào)控A穩(wěn)定性的蛋白家夺，如果有B脱柱，那皆大歡喜，積極驗(yàn)證并闡明B調(diào)控A穩(wěn)定性的機(jī)制即可（最好定位到具體氨基酸位點(diǎn)拉馋，這才叫機(jī)制榨为！通常都是泛素化、磷酸化等）煌茴。如果沒有随闺，那就比較復(fù)雜了。找到能調(diào)控蛋白穩(wěn)定性的功能性分子C蔓腐，然后用CoIP等實(shí)驗(yàn)方法將C和B連接起來（大部分情況都是逐級磷酸化等修飾方式）矩乐。雖然這里只是B-C，但實(shí)際情況可能是B-B1-B2…C回论，這種情況只能祝自己好運(yùn)并積極思考驗(yàn)證散罕，雖然很繁瑣，但如果能闡明這個過程的具體機(jī)制傀蓉，10分以上的正經(jīng)期刊是絕對沒有問題的欧漱。
所以看你提的問題很簡單，我說的也比較簡單葬燎，具體到實(shí)際可能是指數(shù)級上升的難度误甚，但換個角度，如果沒難度谱净，沒有那么多unexpected窑邦，那10-20分文章大家都可以隨便發(fā)了，是吧壕探？
供參考奕翔。
