#本教程仿自于B站的15天入門(mén)生物信息視頻盹兢，若有疑惑請(qǐng)以視頻為準(zhǔn)烹俗。若侵請(qǐng)聯(lián)蛤袒。
#上一個(gè)教程我們得到了genes.counts.matrix.OE_vs_WT.DESeq2.DE_results文件返干，接下來(lái)對(duì)差異基因繪制火山圖壳咕，我們這一步在Windows系統(tǒng)上的R進(jìn)行即可席揽，若需要安裝Windows的R請(qǐng)看教程“https://www.cnblogs.com/liangjinghui/p/17855049.html”。
#1谓厘，我們把之前算表達(dá)量的一個(gè)文件genes.TMM.EXPR.matrix給弄到工作文件夾中幌羞，并將第一列弄成這樣，就是在前面第一列標(biāo)注為“ID”竟稳，genes.counts.matrix.OE_vs_WT.DESeq2.DE_results也是：
#2属桦，制作group.txt，tab分隔：
Sample??? group
WT1???????? WT
WT2???????? WT
WT3???????? WT
OE1 OE
OE2 OE
OE3 OE
#3他爸，進(jìn)入R聂宾，設(shè)置工作文件夾，加載數(shù)據(jù)诊笤，并做數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)
library(readr) gene_exp <- read_delim("有參轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)6-差異基因繪制火山圖\\genes.TMM.EXPR.matrix") sample_info <- read_delim("有參轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)6-差異基因繪制火山圖\\group.txt") de_result <- read_delim("有參轉(zhuǎn)錄組實(shí)戰(zhàn)6-差異基因繪制火山圖\\genes.counts.matrix.OE_vs_WT.DESeq2.DE_results") library (dplyr) library(tidyverse) de_result <- dplyr::select(de_result, ID, log2FoldChange, pvalue, padj)%>% ? mutate(direction=if_else(abs(log2FoldChange)<1|padj>0.05,'ns', ???????????????????????????????????????????? if_else(log2FoldChange>=1,'up','down')))%>% ? left_join(gene_exp,by=c('ID'='ID'))
#4系谐，計(jì)算上調(diào)下調(diào)基因的數(shù)量
group_by(de_result, direction) %>% ? summarise(count=n())
#5，繪制火山圖
library(EnhancedVolcano)
EnhancedVolcano(de_result, lab =de_result$ID, selectLab = F, x = 'log2FoldChange', y = 'padj',
?title = 'Volcano Plot',? subtitle= 'OE vs WT',? xlim = c(-10, 10),? pCutoff = 0.05,? FCcutoff = 1)
#6讨跟，火山圖沒(méi)什么用纪他，最多放附件，自己還可以試著用ggplot2畫(huà)晾匠。
#蜂蜜與四葉草
