2020-02-08 Linux下安裝軟件
Anaconda與miniconda相當(dāng)于是Appstore
Anaconda包含的范圍大,是總管;miniconda是精簡版Anaconda,專注于生信領(lǐng)域
具體可參考生信小白第3天-linux的App Store
下載miniconda
- 通過輸入uname-a查看自己的操作系統(tǒng)是64位還是32位
- biosoft文件夾下執(zhí)行以下命令
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝miniconda
- bash安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh - 一路按"Enter"鍵或選"yes"
- 主目錄下激活環(huán)境變量
source /home/bio07/.bash.rc - 測試
conda - 添加鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
在miniconda下安裝或刪除軟件
- 查看當(dāng)前軟件列表
conda list - 搜索軟件
conda search fastqc - 安裝軟件
conda install fastqc -y
"-y"是自動安裝 - 刪除軟件
conda remove fastqc -y
配置不同的conda environment
- 查看當(dāng)前的environment
conda info -e
帶*的就是默認(rèn)的 - 建立一個名為rna-seq的conda environment员魏，指定python版本是3,安裝軟件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic - 激活新的conda environment(rna-seq環(huán)境)
conda activate rna-seq
4.查看當(dāng)前的environment
conda info -e
帶*的已經(jīng)是rna-seq,而不是base
