學(xué)習(xí)小組-曉光-Day3

2020-02-08 Linux下安裝軟件

Anaconda與miniconda相當(dāng)于是Appstore

Anaconda包含的范圍大,是總管;miniconda是精簡版Anaconda,專注于生信領(lǐng)域

具體可參考生信小白第3天-linux的App Store

下載miniconda

  1. 通過輸入uname-a查看自己的操作系統(tǒng)是64位還是32位
  2. biosoft文件夾下執(zhí)行以下命令
    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安裝miniconda

  1. bash安裝miniconda
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  2. 一路按"Enter"鍵或選"yes"
  3. 主目錄下激活環(huán)境變量
    source /home/bio07/.bash.rc
  4. 測試
    conda
  5. 添加鏡像
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes

在miniconda下安裝或刪除軟件

  1. 查看當(dāng)前軟件列表
    conda list
  2. 搜索軟件
    conda search fastqc
  3. 安裝軟件
    conda install fastqc -y
    "-y"是自動安裝
  4. 刪除軟件
    conda remove fastqc -y

配置不同的conda environment

  1. 查看當(dāng)前的environment
    conda info -e
    帶*的就是默認(rèn)的
  2. 建立一個名為rna-seq的conda environment员魏,指定python版本是3,安裝軟件fastqc、trimmomatic
    conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic
  3. 激活新的conda environment(rna-seq環(huán)境)
    conda activate rna-seq
    4.查看當(dāng)前的environment
    conda info -e
    帶*的已經(jīng)是rna-seq,而不是base
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