網(wǎng)址：https://asia.ensembl.org/index.html
- Ensembl是一個 脊椎動物 基因組的基因組瀏覽器织盼，支持比較基因組學(xué)衅檀、進(jìn)化萤衰、序列變異和轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究抚官。Ensembl注解基因上陕，計算多種校準(zhǔn)，預(yù)測調(diào)節(jié)功能和收集疾病數(shù)據(jù)拓春。
Ensembl 的特點：
1释簿、物種種類齊全。
2硼莽、提供物種基因組序列辕万。
3、有比對工具：BLAST, BLAT, BioMart和變異效應(yīng)預(yù)測器(VEP)沉删。
Ensembl提供搜索功能，種類包括Gene, Transcript, Variant, Phenotype, Structural variation, Somatic mutation, Protein families, Gene tree, GenomicAlignment, Translation, Protein domains, Clones and regions, Marker.
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提供物種數(shù)據(jù)的大類：
Protein-coding and non-coding genes, splice variants, cDNA and protein sequences, non-coding RNAs.
其中
- FASTA files for genes, cDNAs, ncRNA,
- proteins GTF or GFF3 files for genes, cDNAs, ncRNA, proteins
其中cDNA是互補(bǔ)DNA醉途，是由mRNA反轉(zhuǎn)錄來的DNA矾瑰，不包括ncRNA.雙鏈DNA縮寫是dsDNA，ncRNA表示非編碼RNA.
CDS是編碼序列（Coding sequence）的縮寫隘擎。DNA轉(zhuǎn)錄成mRNA殴穴，mRNA經(jīng)剪接等加工后翻譯出蛋白質(zhì)，所謂CDS就是與蛋白質(zhì)序列一 一對應(yīng)的DNA序列
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- primary_assembly 結(jié)尾的文件货葬，該文件內(nèi)部有完整的基因組信息（包括每條染色體的序列信息）采幌，一般做比對選它。
- alt 結(jié)尾的參考基因組文件震桶，這個文件的alt代表：Alternate loci休傍，不同的單倍體型，里面有不同的HLA序列蹲姐，基因在一條染色體上的組合稱單元型(haplotype 磨取，又稱單倍型)
- chromosome+數(shù)字 結(jié)尾的代表每個染色體的序列信息
- 以toplevel結(jié)尾的文件，其內(nèi)部包括了很多該物種的亞型柴墩，或者說包括了大量的變異信息忙厌，其余很多部分都是冗余的，不建議做比對時使用江咳，否則建索引就很慢逢净。
- dna_rm: 該類序列為dna repeat masker序列，即屏蔽重復(fù)序列歼指，該序列中爹土，所有重復(fù)序列均會變成N；在做比對時不建議使用
- dna_sm: 該類序列為dna soft masker序列东臀，即軟屏蔽重復(fù)序列着饥，該類序列中，所有重復(fù)序列均會變成小寫惰赋；有些軟件在比對時可以進(jìn)行大小寫轉(zhuǎn)換宰掉，有些則不會
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