二代測(cè)序：
1：該read是成對(duì)的paired reads中的一個(gè)
2：paired reads中每個(gè)都正確比對(duì)到參考序列上
4：該read沒(méi)比對(duì)到參考序列上
8：與該read成對(duì)的matepair read沒(méi)有比對(duì)到參考序列上
16：該read其反向互補(bǔ)序列能夠比對(duì)到參考序列
32：與該read成對(duì)的matepair read其反向互補(bǔ)序列能夠比對(duì)到參考序列
64：在paired reads中忌警，該read是與參考序列比對(duì)的第一條
128：在paired reads中，該read是與參考序列比對(duì)的第二條
256：該read是次優(yōu)的比對(duì)結(jié)果
512：該read沒(méi)有通過(guò)質(zhì)量控制
1024：由于PCR或測(cè)序錯(cuò)誤產(chǎn)生的重復(fù)reads
2048：補(bǔ)充匹配的read
只有一條reads沒(méi)有比對(duì)上：73, 133, 89, 121, 165, 181, 101, 117, 153, 185, 69, 137
兩條reads都沒(méi)有比對(duì)上：77磨隘、141
比對(duì)上了瞳氓，方向也對(duì)吞杭，并且在插入片段大小范圍內(nèi)：99, 147, 83, 163
比對(duì)上了医男，也在插入片段大小范圍內(nèi)庸诱， 但是方向不對(duì)：67, 131, 115, 179
唯一配對(duì)佑稠，就是插入片段大小范圍不對(duì)：81, 161, 97, 145, 65, 129, 113, 177
samtools view 32.bam | awk -F "\t" '{if ( ($1!~/^@/) && (($2==69) || ($2==133) || ($2==165) || ($2==181) || ($2==101) || ($2==117)) ) {print ">"$1"\n"$10}}' > te.fa
69叨粘、133猾编、165、181升敲、101、117驴党、137瘪撇、73、89港庄、153倔既、121、188是正方向的ins
99鹏氧、163是正方向的片段
147渤涌、83是反方向的片段
三代結(jié)果：
