編譯：大月半
責(zé)編：王采荷
2020年初厕氨，新型冠狀病毒逐漸開始肆虐全球盅视，其傳染性和致病力和SARS病毒及MERS病毒相比是有過之而無不及弱恒。即便如此杀赢，我國及全世界的新發(fā)傳染及相關(guān)方向的科學(xué)家及醫(yī)務(wù)科研人員勇于當(dāng)先烘跺，積極開展科學(xué)研究和防治工作，力爭早日研發(fā)出預(yù)防和治療SARS-Cov-2的疫苗和藥物脂崔。
——寫在前面
因為我的研究方向主要是宿主宏基因組及其代謝產(chǎn)物與宿主互作滤淳，所以關(guān)于COVID-19方面研究，我也一直在檢索和關(guān)注菌群和代謝小分子方面的文章砌左，今天要學(xué)習(xí)的這篇文章是西湖大學(xué)生命科學(xué)院郭天南團(tuán)隊1發(fā)表在預(yù)印本《medRxiv》上的一篇關(guān)于COVID-19患者血清蛋白組和代謝組方面的的研究解析脖咐，以期通過蛋白質(zhì)和代謝小分子等生物靶標(biāo)來預(yù)測COVID-19疾病的發(fā)生發(fā)展過程。同時汇歹，也揭示了COVID-19相關(guān)分子病理生理學(xué)的解析可以為后期開發(fā)抗病毒藥物提供可能屁擅。
代謝組學(xué)分析
一、血清樣本采集
- 醫(yī)院或者檢驗單位靜脈抽取患者或者疑似患者血液产弹，3,500rpm條件下離心10分鐘收集上清血清派歌，可一式多份保存于-80℃冰箱（應(yīng)注意的是，由于SARS-cov-2具有烈性傳染性取视，應(yīng)獲得生物醫(yī)學(xué)倫理批準(zhǔn)和嚴(yán)格生物安全保證條件下從事相應(yīng)的科學(xué)研究）
二硝皂、血清樣品滅活處理
剛開始了解到的滅活方法是將血清在56攝氏度條件下滅活30分鐘，其實本文中蛋白質(zhì)學(xué)分析部分就是采用的這個方法作谭。
但是這篇文章介紹的方法是（原文：Ethanol was added to the serum samples and shaken vigorously to inactivate any potential virus, then dried in biosafety hood.）往血清樣品里面加乙醇對可能存在的病毒進(jìn)行滅活（注意試驗操作需在生物安全柜中進(jìn)行）稽物。
我猜想之所以作者不用第一種滅活的方法，而采用加乙醇的方法是為了避免溫度升高對某些熱不穩(wěn)定的代謝物產(chǎn)生影響折欠，從而影響檢測贝或。
- 血清滅活后采用常規(guī)的甲醇蛋白沉淀法離心獲得上清吼过，氮氣吹干或者真空離心濃縮干燥后進(jìn)行LC/MS檢測。
三咪奖、液相色譜質(zhì)譜檢測
四種平臺：（主要是為了能使血清中的代謝物能得到詳盡的檢測和保證檢測質(zhì)量）
反相/超高效液相色譜-質(zhì)譜/質(zhì)譜串聯(lián)（正離子電噴霧離子化形式）
同上（負(fù)離子模式）
親水作用液相色譜-質(zhì)譜/質(zhì)譜（負(fù)離子模式）
_ 接下來盗忱，就是樣品上機(jī)質(zhì)譜檢測
四、數(shù)據(jù)處理
—）下機(jī)數(shù)據(jù)
——>峰匹配/比對羊赵，峰注釋趟佃。通過自己構(gòu)建的一個超過3300標(biāo)準(zhǔn)品代謝物數(shù)據(jù)庫進(jìn)行代謝物的注釋
備注：代謝物的鑒定需要滿足三個較為嚴(yán)苛的條件；
窄窗保留指數(shù)（narrow window retention index ）2
分子量要正確（誤差要小于10ppm）
MS/MS spectra with high forward and reverse scores based on comparisons of the ions present in the experimental spectrum to the ions present in the library spectrum entries
一般來說昧捷，要想獲得比較可靠的結(jié)果闲昭，除了以上條件之外，還需結(jié)合自己的實驗?zāi)康暮脱芯勘硇图右赃M(jìn)一步的確證靡挥。
參考
[1] Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera
