1122生信技能樹 致敬賣萌哥
016 創(chuàng)建獨(dú)立環(huán)境
Conda想要安裝軟件女仰，需要經(jīng)過安裝Conda、conda添加頻道何暮、conda創(chuàng)建獨(dú)立的環(huán)境（所有裝在base里的包在整個小環(huán)境都能使用俄精，為避免占內(nèi)存避免串用方便管理改橘，所以建議設(shè)置獨(dú)立的環(huán)境），最后才是軟件安裝
環(huán)境創(chuàng)建部分主要包括：
conda create -n rnaseq（創(chuàng)建名為rnaseq的小環(huán)境）
conda activate rnaseq (啟動名為rnaseq的小環(huán)境)
conda deactivate(退出這個小環(huán)境)
conda env list或 conda info --env（用于查看存在的小環(huán)境）----對于環(huán)境的啟動與退出可以觀察命令提示符的首個字符谦趣，看看是否是環(huán)境名疲吸，若是，則表明環(huán)境啟動前鹅；若不是摘悴，則表明退出環(huán)境。
conda remove-n rnaseq --all（刪除已創(chuàng)建的小環(huán)境及安裝的包.這個刪除不用rm舰绘，用remove）
conda create -n Python2 ?利用conda創(chuàng)建一個名為Python2的環(huán)境
conda create -n Py2 --clonePython2 ?創(chuàng)建一個名為Py2的環(huán)境替代Python2（克隆--復(fù)制內(nèi)部東西但是可以更改名字）
conda remove -n Py2 -all利用conda刪除一個名為Py2的環(huán)境（先克隆蹂喻，再刪，方能完成重命名）
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017 如何安裝軟件
首先你得裝什么軟件（可以參考師兄師姐以及發(fā)表文章裝的啥）
如轉(zhuǎn)錄組常用軟件（質(zhì)量控制fastqc multiqc等 比對定量 bwa hista2等 ??無參組裝Trinity等 等）
哪些軟件可以用conda裝呢捂寿？ ?（三種查詢方法 法1：anaconda與bioconda網(wǎng)站查詢法2：conda search *** 服務(wù)器或者終端上裝（比較慢） ?3.百度搜索---關(guān)鍵詞+conda ）
注意光標(biāo)變成全綠才表明可以輸入（別傻傻的在這上面浪費(fèi)時間）
cat ~/.condarc（查看conda頻道）注意默認(rèn)里頻道設(shè)置為清華鏡像叉橱，這樣快（不是在國外）
如何去除默認(rèn)設(shè)置呢？vim ~/.condarc （刪除的目的是讓其不去默認(rèn)里照）
安裝方式可以查詢相應(yīng)網(wǎng)站者蠕。conda install -e bioconda fastqc(用第三百度的方式搜索不好搜窃祝，用bioconda與anaconda的網(wǎng)址吧。 https://bioconda.github.io/?????https://anaconda.org/search（利用anaconda的網(wǎng)頁去找會更方便些）)
注意安裝軟件一定要在自身相應(yīng)的小環(huán)境中安裝踱侣。（方便管理與不占資源）粪小，運(yùn)行項(xiàng)目最好也在相應(yīng)小環(huán)境
總結(jié)----關(guān)于軟件安裝
去哪裝（三個方法：主要用賣萌哥老師提供的anaconda search網(wǎng)址去搜，比較方便）
安裝在哪（安裝在相應(yīng)項(xiàng)目的小環(huán)境中）
安裝軟件過程：
[if !supportLists]1.?[endif]看看有哪些可以安裝的版本conda search fastqc
[if !supportLists]2.?[endif]安裝指定版本的軟件conda install fastqc=0.11.7
[if !supportLists]3.?[endif]添加-y參數(shù)跳過確認(rèn)步驟（即我確信我裝） ?conda install -y fastqc=0.11.7
查看安裝了啥軟件
[if !supportLists]1.?[endif]conda list
[if !supportLists]2.?[endif]查看復(fù)合正則表達(dá)式的軟件conda list fastqc*
[if !supportLists]3.?[endif]查看指定環(huán)境的軟件conda list -n rnaseq（查看列表軟件在名為rnaseq的環(huán)境里）
刪除安裝的軟件
[if !supportLists]1.?[endif]conda remove fastqc
[if !supportLists]2.?[endif]Conda remove -n rnaseq fastqc ??(刪除名為rnaseq環(huán)境下的fastqc抡句，加了-y參數(shù)的話可以直接刪除)
升級軟件
[if !supportLists]1.?[endif]conda update fastqc
[if !supportLists]2.?[endif]conda update conda （升級conda本身探膊，只要不影響使用，建議先不用升級待榔，4.8之前可以升級逞壁，因?yàn)?.8之后conda有一些改變）
[if !supportLists]3.?[endif]conda install python=2.7 （指定降級為舊版本，有趣）
018 ?conda安裝報(bào)錯解決（賣萌哥老師真的貼心）
[if !supportLists]1.?[endif]htp000網(wǎng)絡(luò)問題
[if !supportLists]2.?[endif]conda小環(huán)境不用額外添加channel锐锣，默認(rèn)設(shè)置的所有小環(huán)境都能用腌闯。但是可以進(jìn)行小環(huán)境的個性化設(shè)置，不同小環(huán)境利用不同的channel雕憔。
[if !supportLists]3.?[endif]怎么刪除頻道姿骏，方法有二
法-：先查看頻道 cat ~/.condarcvim ~/.condarc(刪除（家目錄下的點(diǎn)condarc文件，點(diǎn)代表隱藏文件-注意）啟動斤彼，啟動之后需要利用光標(biāo)選定需要刪除的頻道分瘦，同時按兩下d進(jìn)行刪除)蘸泻，輸入wd退出。
法二：直接刪除整個頻道嘲玫，然后一個一個加進(jìn)去
[if !supportLists]4.?[endif]在小環(huán)境安裝的軟件只能用于小環(huán)境悦施，退出小環(huán)境便不能使用了∪ネ牛可以在小環(huán)境里加小環(huán)境抡诞。
[if !supportLists]5.?[endif]利用conda要激活conda,退出要conda deactivate ，進(jìn)入小環(huán)境
[if !supportLists]6.?[endif]調(diào)用Xmaneger不行
[if !supportLists]7.?[endif]Pip（影像組學(xué)的軟件安裝）報(bào)錯可能式版本問題渗勘；mamba安裝之后可以加快conda的運(yùn)行
019 conda的進(jìn)階技巧
mamba的使用
版本控制和遷移
本地安裝
一些零散的奇怪知識
用mamba軟件安裝絲般順滑（它并沒有把conda完全重新寫了一遍沐绒，而是重構(gòu)了一些過程，比如安裝過程旺坠，其能更好的處理系統(tǒng)與軟件的環(huán)境配置問題以及下載速度問題）乔遮，并且增加了一些功能。）
安裝mamba（基于mamba的優(yōu)秀屬性取刃，安裝于base可以適用于所有小環(huán)境蹋肮，并且老師已明確說不影響運(yùn)行----裝在base的包如果不明確是否有不良影響，不能安裝該包在base之下）
在base下安裝mamba：首先得激活base環(huán)境: conda activate base
接著利用conda安裝mamba：conda install mamba
除啟動環(huán)境外（conda activate rnaseq）璧疗，所有conda命令都可以用mamba來代替坯辩。***
安裝軟件：mamba install fastqc (注意mamba可以多線程安裝軟件)
搜索軟件：mamba search fastqc
Mamba repoquery search fastqc 這個速度更快。
mamba進(jìn)階小技巧
mamba可以很方便的查看安裝的軟件之間的依賴關(guān)系
我依賴誰：mamba repoquery depends -t samtools
誰依賴我：mamba repoquery whoneeds -t python(-t代表以樹狀的形式呈現(xiàn)出來)
版本控制與遷移
解決兩個問題：
[if !supportLists]1.?[endif]發(fā)文章時提供版本號
[if !supportLists]2.?[endif]更換服務(wù)器崩侠，分享的時候保持軟件版本不變
方法1：用conda list的export功能
基本用法conda list （查看當(dāng)前環(huán)境所安裝的軟件）
進(jìn)階用法：
導(dǎo)出環(huán)境中安裝的包的列表
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt（寫txt的原因時因?yàn)槿菀自谄渌胤酱蜷_, > 輸出到txt文件中）
軟件名=版本號=build
安裝導(dǎo)出的信息
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt
方法二：用conda env的export功能導(dǎo)出
導(dǎo)出想要的環(huán)境conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml
根據(jù)導(dǎo)出的yml文件創(chuàng)造環(huán)境conda env create -f rnaseq.yml
根據(jù)導(dǎo)出的yml文件更新環(huán)境conda env update -f rnaseq.yml
yml文件提供的信息更全面漆魔。
本地安裝：適用于1.網(wǎng)絡(luò)實(shí)在不行的朋友 2.不聯(lián)外網(wǎng)的大型超算平臺
偷懶小技巧：巧用alias（別名）,寫個備忘錄，這種技巧后期一定要常用却音，但前期一定要多敲鍵盤形成肌肉記憶改抡。警告~/.bashrc文件非常重要，最好把~/.bashrc先備份一份系瓢。
嫌棄每次輸入：conda activate rnaseq 太麻煩阿纤？
先備份一下~/.bashrc ??cp ~/.bashrc ~/.bashrc
在~/.bashrc中寫入
echo “alias rna =’conda activate rnaseq’?”>> ~/.bashrc
echo “alias deact=’conda deactivate rnaseq’?”>> ~/.bashrc
重新加載以下~./bashrc
source ~/.bashrc
清除掉下載了但是沒有用的包
conda clean -i ??（由清華鏡像轉(zhuǎn)北外鏡像）刪除之前的環(huán)境參數(shù)?tip：更換鏡像的時候記得先運(yùn)行這條。
conda clean -p ??雖然讀寫了但是沒安裝的隱藏包會被清掉夷陋，包括軟鏈接的包也會被清除
conda clean -t ???
conda clean -a
?
如何用conda將軟件安裝到指定位置欠拾？
先創(chuàng)建biosoft文件夾
mkdir biosoft
在里面創(chuàng)建一個samtools文件夾
cd biosoft
mkdir sametools
適用-p參數(shù)指定安裝位置(-p指定的位置為絕對路徑)
Conda install -p ~/biosoft/samtools samtools
如何按照位置啟動小環(huán)境
直接指定到安裝的位置即可
Conda env list （先看看小環(huán)境分別在什么位置）
Conda activate 小環(huán)境對應(yīng)的位置（復(fù)制粘貼即可）
?
為特殊環(huán)境設(shè)置特殊頻道（我這個環(huán)境只想用這個頻道。）
conda config --env --add channels genomedk
conda -V（查看conda版本號）
進(jìn)入rnaseq小環(huán)境骗绕，conda config --env --add genomedk（設(shè)置其小環(huán)境）
cat ~/.condarc(查看頻道-鏡像)
conda config --show channels ?(多了一個default默認(rèn)頻道-genomedk)
conda deactivate（但是退出之后藐窄，再show就沒有了）
condaconfig --show channels ?（沒有是默認(rèn)使用這個頻道了嗎，思考下爹谭？）
020報(bào)錯大賞 ?
[if !supportLists]1.?[endif]網(wǎng)絡(luò)問題：htp000（網(wǎng)絡(luò)不穩(wěn)定或者沒有聯(lián)網(wǎng)）
解決方案：1.確保網(wǎng)絡(luò)鏈接 2.多運(yùn)行幾次 3.刪掉~/.bashrc里的default頻道 4.使用mamba（mamba是真的秀枷邪，網(wǎng)絡(luò)聯(lián)網(wǎng)都可以）
[if !supportLists]2.?[endif]一致再Solving environment（一直轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)，然后后期顯示failed）诺凡？
一個奇怪的解決方法：把鏡像的https換成http
[if !supportLists]3.?[endif]未下載完全特征是從開始安裝到選擇安裝位置一切正常东揣，但是到開始安裝之后報(bào)錯
解決方案：重新下載一個完整的安裝包即可。md5sum mismatch
[if !supportLists]4.?[endif]mamba只不過是重構(gòu)了conda一部分的功能腹泌，下載主要取決于服務(wù)器嘶卧，用的流量與網(wǎng)速其實(shí)是非常低的，他們是通過指令的方式去發(fā)揮作用凉袱。
[if !supportLists]5.?[endif]為什么不用soure加載miniconda3影響也不大芥吟。其實(shí)一開始應(yīng)該都會加載的
[if !supportLists]6.?[endif]conda安裝或者軟件安裝時，一定要按照命令的順序進(jìn)行专甩，否則大概率會出錯的钟鸵，因?yàn)橄到y(tǒng)/服務(wù)器是按命令執(zhí)行的。
[if !supportLists]7.?[endif]本地下載可能存在套娃的情況涤躲，因?yàn)榭赡艽嬖谧屇阆峦阛棺耍，然后下載bcd等的情況。
[if !supportLists]8.?[endif]質(zhì)量控制中种樱，fastqc:查看質(zhì)量蒙袍，不對不好的數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，相當(dāng)于一個report
[if !supportLists]9.?[endif]Multiqc：一個文件會生成一個fastqc的結(jié)果嫩挤，100個文件則會生成100個害幅，multiqc可以把fastqc文件整合到一個文件中去，方便查看
[if !supportLists]10.?[endif]fastp岂昭、trimomatic以现、cutadapt、trim_galore主要發(fā)揮過濾低質(zhì)量的序列與剪掉接頭约啊，賣萌哥一般用Fastp邑遏，那是國內(nèi)大佬用C語言寫的，運(yùn)行速度快棍苹，trimomatic需要手工加上接頭无宿，而fastp比較智能，無需手動添加枢里，對新手比較友好孽鸡。cutadapt直接切接頭的，trim_galore貌似能夠調(diào)用fastp與trimomatic栏豺。
[if !supportLists]11.?[endif]比較定量中彬碱，主要用bowtie與bowtie2 STAR是用于比對的，比較消耗內(nèi)存奥洼。無參轉(zhuǎn)錄組：trinity巷疼。 ?比對沒有一個金標(biāo)準(zhǔn)，其是否需要考慮有無可變剪接以及是否需要其分開比對灵奖。最好是從自身感興趣的文獻(xiàn)學(xué)習(xí)人家用什么軟件嚼沿，并可以自己多比對一下軟件用法估盘。TPM與FPKM（利用RSEM直接指定，然后就可以得到TPM與FPKM骡尽，不需要自身寫腳本遣妥，13年寫的，并且不斷在更新攀细。）conda可以安裝GCC箫踩，conda可以直接安裝GCC.
[if !supportLists]12.?[endif]Docker比較好用于遷移和組裝
?
