作者，Evil Genius
課上我們提到過，10X HD的分析杈女，一刀切的8um、16um 的分析方式從準(zhǔn)確度上來講只能打60分，結(jié)合圖像信息重構(gòu)單細(xì)胞級(jí)別的空間數(shù)據(jù)可以打85~90分达椰，結(jié)果更為準(zhǔn)確一點(diǎn)翰蠢。
其中的核心就是---將空間捕獲區(qū)域聚集到單細(xì)胞的精度水平，這其中就需要利用形態(tài)學(xué)圖像分割和基因表達(dá)信息啰劲。
原則上看梁沧，華大220nm的精度運(yùn)用這個(gè)分析效果應(yīng)該會(huì)更好。
Stereo-Seq和S3000這樣的新平臺(tái)克服了早期方法的技術(shù)缺陷蝇裤，并在亞細(xì)胞分辨率上產(chǎn)生了全面的基因表達(dá)信息廷支。10X HD2 um的精度也屬于亞細(xì)胞級(jí)，那么從數(shù)據(jù)中重建單個(gè)細(xì)胞變得很有吸引力栓辜，將亞細(xì)胞2um bin連接成單個(gè)細(xì)胞恋拍，這是通過使用StarDist進(jìn)行形態(tài)分割來完成的。
分析方法python版本藕甩，與scanpy完全兼容施敢，分析思路圖如下
對(duì)比一下直接8um和重構(gòu)單細(xì)胞級(jí)別空間數(shù)據(jù)最直觀的不同。
8um
重構(gòu)單細(xì)胞級(jí)數(shù)據(jù)
