今天的新知識(shí)：linux環(huán)境下的軟件安裝
首先放上今天學(xué)習(xí)的思維導(dǎo)圖
![]()
linux環(huán)境下的軟件安裝.png
linux環(huán)境下的軟件安裝.png
1.了解conda
- 可以簡(jiǎn)單的理解，conda為生信界的App Store
- 有關(guān)其詳細(xì)介紹，可見(jiàn)https://mp.weixin.qq.com/s/FBsY8hRjTS6ih2RvY47I6Q
- 日常中遇汞，生信使用小而精的Miniconda即可滿足需求啦
2.下載conda（Miniconda）
- 1.下載地址https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
選擇最新的64位下載熊楼，右鍵復(fù)制下載鏈接 - 2.在linux環(huán)境下創(chuàng)建biosoft目錄
- 3.輸入命令行下載
wget 復(fù)制的鏈接
windows系統(tǒng)中通惫，復(fù)制粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了叉瘩，選中教硫，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)一下是復(fù)制逻卖，右鍵點(diǎn)一下是粘貼
-
下載界面如圖：miniconda下載.png
3.安裝和配制miniconda
- 安裝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
剛開(kāi)始需要一直按enter來(lái)確認(rèn)版權(quán)信息宋列，根據(jù)界面提示，按enter或輸入yes评也，最后安裝成功如下圖所示：安裝成功.png - 激活
source ~/.bashrc
再輸入conda炼杖，出現(xiàn)滿屏信息說(shuō)明成功，如下圖：激活成功.png - 添加鏡像
粘貼如下代碼盗迟，后回車(chē)
# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
現(xiàn)在Miniconda就安裝成功可以使用啦坤邪！
4.軟件的安裝與卸載（以fastqc為例）
- 1.查看服務(wù)器上安裝的軟件列表
conda list查看已安裝軟件列表.png - 2.安裝軟件
conda install fastqc -y
加的-y表示安裝過(guò)程中conda問(wèn)的問(wèn)題全部回答yes - 3.確認(rèn)軟件安裝成功
fastqc --help
輸入上述，若出現(xiàn)一大片文檔罚缕，為軟件的幫助文檔艇纺，則代表安裝成功，如下圖：Fastqc安裝成功.png
軟件已存在：軟件列表1.png - 4.卸載軟件
conda remove fastqc -y
下載后重新加載軟件列表邮弹，列表中已無(wú)fastqc軟件黔衡，如下圖：軟件列表2.png
5.定制conda的分身
conda 環(huán)境：生信實(shí)戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組腌乡、基因組組裝盟劫、重測(cè)序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件导饲，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求,此時(shí)捞高，需要按照項(xiàng)目氯材，定制不同的分身，安裝不同的軟件硝岗，互不干擾氢哮。這個(gè)分身就是不同的“conda environment”。
- 1.查看當(dāng)前conda的環(huán)境
conda info --envs
如下圖所示型檀，只有一個(gè)默認(rèn)的環(huán)境（帶有*）conda默認(rèn)環(huán)境.png - 2.處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的環(huán)境
先建立一個(gè)名叫rnaseq的conda環(huán)境冗尤，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc胀溺、trimmomatic（這兩個(gè)可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y -
3.查看新環(huán)境
查看結(jié)果如圖所示裂七，多了一個(gè)新環(huán)境，默認(rèn)環(huán)境還在：
conda新環(huán)境.png - 4.激活新環(huán)境
conda activate rna-seq
界面如圖所示：此時(shí)默認(rèn)的*就會(huì)轉(zhuǎn)移到rna-seq前面仓坞；另外在用戶名root前面出現(xiàn)(rna-seq)背零。
激活新環(huán)境.png
此時(shí)輸入fastqc，出現(xiàn)大片文字无埃，便表明可以使用了徙瓶，如圖：
新環(huán)境下fastqc.png
- 5.退出當(dāng)前環(huán)境
conda deactivate
則又回到默認(rèn)環(huán)境，如圖界面：
退出當(dāng)前環(huán)境.png
