PlantCARE預測植物啟動子-順式作用元件

啟動子

啟動子是RNA 聚合酶識別、結(jié)合和開始轉(zhuǎn)錄的一段DNA 序列遍坟，它含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列，多數(shù)位于結(jié)構基因轉(zhuǎn)錄起始點的上游,啟動子本身不被轉(zhuǎn)錄爽醋。但有一些啟動子(如tRNA啟動子)位于轉(zhuǎn)錄起始點的下游,這些DNA序列可以被轉(zhuǎn)錄涮瞻。啟動子的特性最初是通過能增加或降低基因轉(zhuǎn)錄速率的突變而鑒定的。啟動子一般位于轉(zhuǎn)錄起始位點的上游幾百至幾千bp不等，怎么用plantcare預測轉(zhuǎn)錄起始位點?

示例歼疮，以下文章將轉(zhuǎn)錄起始位置前2000bp進行了預測杂抽，并分成三類，有興趣可以參考原文：

Genome?wide characterization and analysis of the CCT motif family
genes in soybean (Glycine max)

PlantCARE分析

提取轉(zhuǎn)錄起始位置

也就是起始密碼子ATG前2000bp位置韩脏，根據(jù)gff3文件提取的時候需要注意正負鏈怠蹂，或者使用TBTOOLS進行提取翼悴，有位置后镇饺，根據(jù)以下腳本提纫彀：

samtools faidx ref.fa Chr01:353407-373407 >GM0600.fa

提取到序列后，上PlantCARE網(wǎng)站進行預測PlantCARE官網(wǎng)

search for CARE.png

等網(wǎng)站跑完后济竹，會將結(jié)果發(fā)至填寫的郵箱，解壓后會得到plantCARE_output_PlantCARE_*.tab文件霎槐，小編根據(jù)文章分的三類送浊，寫了幾個小腳本，有興趣可以參考

（1）Plant growth and development

grep.sh

grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'A-box'  >A-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'AE-box'  >AE-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'Box 4' >Box-4
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'CAT' >CAT-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'circadian' >Circadian
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'GA' >GA-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'GATA' >GATA-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'G' >G-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i  'GCN4' >GCN4-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i  'GT1' >GT1-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i  'I-box' >I-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i  'RY' >RY-element
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i  'MRE' >MRE

sort.sh

cut -f 1 A-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' > A-box.xls
cut -f 1 AE-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >AE-box.xls
cut -f 1 Box-4 |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >Box-4.xls
cut -f 1 CAT-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >CAT-box.xls
cut -f 1 Circadian |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >Circadian.xls
cut -f 1 GA-motif |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >GA-motif.xls
cut -f 1 GATA-motif |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >GATA-motif.xls
cut -f 1 G-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >G-box.xls 
cut -f 1 GCN4-motif |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >GCN4-motif.xls
cut -f 1 GT1-motif |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >GT1-motif.xls 
cut -f 1 I-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >I-box.xls
cut -f 1 MRE |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >MRE.xls
cut -f 1 RY-element |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >RY-element.xls

（2）Abiotic and biotic stresses

grep.sh

grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'ARE' >ARE 
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep   'DRE core' >DRE-core
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'LTR' >LTR
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'MBS' >MBS
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'MYB' |grep -v site>MYB
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'MYC' >MYC
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'STRE' >STRE
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'TC' >TC-rich-repeat
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'W' >W-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'WUN' >WUN-motif

sort.sh

cut -f 1 ARE |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >ARE.xls
cut -f 1 DRE-core |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >DRE-core.xls
cut -f 1 LTR |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >LTR.xls
cut -f 1 MBS |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >MBS.xls
cut -f 1 MYB |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >MYB.xls
cut -f 1 MYC |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >MYC.xls
cut -f 1 STRE |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >STRE.xls
cut -f 1 TC-rich-repeat |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >TC-rich-repeat.xls
cut -f 1 W-box |sort|uniq -c | awk '{print$2"\t"$1}' >W-box.xls
cut -f 1 WUN-motif |sort|uniq -c | awk {'print$2"\t"$1}' >WUN-motif.xls

（3）Phytohormone responsive

grep.sh

grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'ABRE' >ABRE
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'as-1' >as-1
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'CGTCA' >CGTCA-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'CARE' >CARE
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'ERE'  >ERE
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'P' >P-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'TATC' >TATC-box
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'TCA-element' >TCA-element
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'TGACG' >TGACG-motif
grep -v Unnamed plantCARE_output_PlantCARE_*.tab|grep -v short_function|cut -f 1,2|grep -i -w 'TGA-element' >TGA-element-motif

sort.sh

cut -f 1 ABRE |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>ABRE.xls
cut -f 1 as-1 |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>as-1.xls
cut -f 1 CARE |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>CARE.xls
cut -f 1 CGTCA-motif |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>CGTCA-motif.xls
cut -f 1 ERE |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>ERE.xls
cut -f 1 P-box |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>P-box.xls
cut -f 1 TATC-box |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>TATC-box.xls
cut -f 1 TCA-element |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>TCA-element.xls
cut -f 1 TGACG-motif |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>TGACG-motif.xls
cut -f 1 TGA-element-motif |sort |uniq -c |awk '{print$2"\t"$1}'>TGA-element-motif.xls

有網(wǎng)站結(jié)果后丘跌，也可以使用TBTOOLS進行可視化植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預測-可視化分析

TBTOOLS.png

最后編輯于：2023.02.17 23:31:20

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