- 這個實驗做了兩個下午，失敗了n多次齐鲤，卡在一個地方不動所以重啟好多次瓦糟，好多過程沒有截屏就打字略過了。
1.conda install -c bioconda multiqc修己，輸入此命令直接安裝時恢总，會出現(xiàn)source environment./然后就卡在這里，等半個多小時也沒有反應睬愤。
- 在簡書搜索了conda相關(guān)安裝使用說明片仿，參照這篇文章http://www.reibang.com/p/edaa744ea47d
- 刪除了原先安裝包
rm -rf anaconda3， - 重新安裝
sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh - 在詢問是否將conda加入環(huán)境變量的時候選擇no（此步參考的是鏈接文章尤辱，我自己操作的時候重啟了幾次沒有截屏）
- 啟動conda
1 cd anaconda3
2 ls
3 cd bin
4 ls
5 chmod +x activate
6 source ./activate
- 添加頻道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes
- vim
vim ~/.condarc保證內(nèi)容是以下的即可
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
show_channel_urls: true
-
再一次
conda install -c bioconda multiqc終于成功了砂豌！
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image.png 之前上課已經(jīng)安裝了SRAtoolkit，參照老師的文章http://www.reibang.com/p/c29ae5fe6f99
用multiqc對fastq文件進行數(shù)據(jù)質(zhì)量評價光督，我直接用了老師給的兩個測試文件阳距。（正常情況需要從NCBI的SRA庫中找SRR序列，
prefetch 序列名稱结借，然后fastq-dump --split-files 序列名稱即可得到所需的fastq文件 參考的也是老師的文章http://www.reibang.com/p/eeaa78f6c6c4）
fastqc test_7942raw_1.fq.gz
fastqc test_7942raw_2.fq.gz
得到下圖幾個文件
image.png
我新建了一個文件夾筐摘，將它們統(tǒng)一放在了一起，然后
cd進入這個文件夾船老，利用multiqc .得到multiqc_data和multiqc_report.html 兩個文件蓄拣，將multiqc_report.html下載到桌面打開
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打開網(wǎng)頁是以下結(jié)果image.png
- 結(jié)果分析參考了這篇文章http://www.reibang.com/p/d06b0e3d6a78，就不一一復制粘貼了努隙，只把數(shù)據(jù)結(jié)果圖片貼了上來球恤。
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