安裝R包的幾種方式
從CRAN中安裝R包
########安裝R包的幾種方式#############
修改清華鏡像站
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
install.packages("DESeq2", repo=site)
完全可以多個(gè)R包一起安裝
ins_pac = c("DO.db", "fgsea", "qvalue", "ggforce", "DOSE", "ggraph", "GOSemSim", "biomaRt", "enrichplot", "GenomicFeatures", "gridBase", "rtracklayer", "TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
install.packages("ins_pac", repo=site)
安裝bioconductor包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("phangorn")
可以同時(shí)安裝CRAN或者bioconductor或者部分github包的包BiocInstaller和BiocManager
R3.5版本以上才可以使用#####
library(BiocInstaller)
biocLite("structSSI" )
BiocManager
chooseCRANmirror()
install.packages("BiocManager")
安裝的軟件包可以更新到當(dāng)前版本
BiocManager::install()
使用version()查看Bioconductor版本
BiocManager::version()
安裝github中的包
library("devtools")
install_github("joey711/phyloseq")
下載ggvegan包
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")
library(phyloseq)
判斷devtools工具是否存在幕庐，選擇是否需要安裝，因?yàn)楹艽蟆?/h1>
require(devtools)
install_github("ggvegan")
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("calligross/ggthemeassist")
安裝開(kāi)發(fā)版(連github不穩(wěn)定有時(shí)間下載失敗家淤，多試幾次可以成功)
devtools::install_github("phyloseq", build_vignettes = TRUE)
安裝新功能最優(yōu)版
devtools::install_github("phyloseq", ref = "optimization")
安裝固定版本的包
安裝固定版本
install_version("igraph", version = "0.6.5", repo="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
當(dāng)不記得github倉(cāng)庫(kù)號(hào)之后异剥，使用下面包githubinstall安裝github包
install.packages('gdtools') #已發(fā)布至CRAN
library(githubinstall)
如果以上都還沒(méi)有解決您的問(wèn)題，還有辦法
我們下載github上的包絮重，可能經(jīng)常性的打不開(kāi)冤寿，R中無(wú)法下載歹苦，甚至手動(dòng)克隆都有可能隨時(shí)中斷。
無(wú)法下載得到github包督怜，或者無(wú)法安裝后殴瘦，將github包手動(dòng)下載下來(lái)，解壓之后定位文件夾名稱(chēng)后安裝
install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/hrbrthemes-master/", repos = NULL, type = "source")
install.packages("C:/Users/wentao/Desktop/microbiomeutilities-master/", repos = NULL, type = "source")
library(microbiomeutilities)
R語(yǔ)言載入包方式(require)實(shí)現(xiàn)多個(gè)包一起載入
這里將包分類(lèi)載入
.cran_packages <- c("ggplot2", "gridExtra")
.bioc_packages <- c("dada2", "msa", "phyloseq")
Load packages into session
sapply(c(.cran_packages, .bioc_packages), require, character.only = TRUE)
定期升級(jí)所有R包
#######定期升級(jí)所有R##########
update.packages( )
#######定期升級(jí)所有R#########
查看默認(rèn)載入的包
查看默認(rèn)載入的包########
getOption("defaultPackages")#：查看啟動(dòng)R時(shí)自動(dòng)載入的包号杠。
查看默認(rèn)載入的包########
查看包安裝目錄 查看已經(jīng)安裝的包目錄
.libPaths()：查看包的安裝目錄
library()：查看已經(jīng)安裝的包目錄
查看R中載入的包
sessionInfo()：查看R中載入的包
查看"package"中的所有對(duì)象
ls("package:package")：查看"package"中的所有對(duì)象
