一抡砂、 基本介紹
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因組瀏覽器。支持BAM恬涧、SAM注益、GOBY、VCF溯捆、PSL丑搔、BED、TDF等格式提揍。
目前支持的格式包括：
- 序列比對：bam啤月、cram
- 基因組注釋：bed、gtf劳跃、gff3谎仲、psl、bigbed
- 信號數(shù)據(jù)：wig刨仑、bedgraph郑诺、bigwig、tdf
- 拷貝數(shù)：seg
二杉武、 使用方法
(1) 安裝IGV
安裝IGV注意事項：不要安裝在有空格的文件夾下辙诞；IGV需要java，可以先安裝java在默認位置轻抱，然后安裝IGV飞涂。
(2) 導入文件
- 導入?yún)⒖蓟蚪Mfa文件（Genomes -> Load Genomes From Files），一定要是fa文件十拣》馀。可能需要索引：samtools faidx input.fa。
- 導入gtf注釋（Tools -> Run igvtools -> commond=sort, input file=gtf, Run ->> File -> Load from file ->> GO-index）夭问。
- 導入bam或bw文件（File -> Load from File）泽西，bam一定要sort，同時在bam文件所在的目錄下一定要有bam文件對應的.bai索引文件缰趋。
- 選擇感興趣的染色體捧杉，或者輸入感興趣的基因組位置（格式：染色體:起始位置-終止位置）。
- 修改顯示格式秘血。在測序深度區(qū)域或者read覆蓋區(qū)域單擊右鍵味抖，會彈出一個下拉菜單。右鍵單擊選擇Save image灰粮。
(3) 查看BAM文件
載入bam文件后會產生3個相關的tracks仔涩，一般情況下，前兩個tracks會自動出現(xiàn)粘舟。這些設置可以通過右鍵進行修改熔脂。
- Alignment track：顯示每個的reads的比對情況佩研。
- Coverage track：顯示覆蓋率和測序深度。
- Splice Junction Track：提供一個可選的橫跨剪切位點（spanning splice junctions）的reads視圖霞揉。
※ Coverage Track：默認情況下旬薯，IGV能動態(tài)計算和顯示比對文件的覆蓋率和測序深度。當IGV窗口放大到reads 可視化閾值大惺手取（默認為30KB）時绊序，這個track會以灰色條形圖顯示每個位點的測序深度。如果某核苷酸與參考序列不同（超過20% reads）時秽荞，IGV會標出不同的顏色骤公。A→綠色；C→藍色蚂会；G→橙色淋样；T→紅色。將鼠標懸停在你需要查看的位點處可以看到詳細的信息胁住，右鍵可以復制趁猴。
※ Alignment Track：當IGV窗口放大到30KB（默認）時，就會顯示出各個reads的情況彪见。當窗口放大到一定程度時儡司，IGV的窗口中心會出現(xiàn)一條線，再繼續(xù)放大余指，中心線會變?yōu)閮蓷l捕犬，剛好可以框住一個堿基。IGV使用reads透明度來表示其質量酵镜〉锏铮灰色表示和參考基因能比對上的reads。注意：那些透明或者白色的reads有著亮灰色邊框的其比對質量（MQ）為0淮韭。
※ 結構變異（Structural Variants）：IGV使用顏色和其他的標記來顯示變異垢粮，如SNP、SV靠粪、aneuploidy蜡吧。紫色（I）：插入，鼠標懸空在此處能顯示插入的堿基信息占键。黑色橫線（-）：缺失昔善。
可通過 View >>Preferences >>Alignments 面板設置相關參數(shù)。默認情況下 Track Alignments 區(qū)以緊湊的單個 reads 的形式展示畔乙，通過 View as pairs 可成對顯示君仆，且中間以細線連接。Sort alignments by 可對Track區(qū)域進行排序，如想返回最初結果則選擇 Re-pack alignments 即可返咱。
(3) 查看BW和Bedgraph文件
