ResearchGate推送的這篇文章挺有意思囚灼，屬于目前在整理的【不建模系列】肮街。下面來做下筆記：
發(fā)表雜志：Cells
PMID: 33804148
知識點
xCell：作者整合了FANTOM置蜀、ENCODE、Blueprint胁住、GEO數(shù)據(jù)庫共1822個純?nèi)祟惣毎娃D(zhuǎn)錄組筹吐，既包括RNA-seq也有Array-based數(shù)據(jù)，使用單樣本GSEA（ssGSEA）分析方法對每個樣本進行評分狮崩，獲得每個樣本最可靠的特征集（gene signature）蛛勉。
摘要
ANXA1是一種鈣依賴性磷脂結(jié)合蛋白（calcium-dependent phospholipid-binding protein），在胰腺中高表達睦柴。大量研究表明ANXA1在腫瘤的增殖诽凌、侵襲、遷移坦敌、凋亡和抗炎發(fā)揮著重要作用侣诵。因此，作者假設(shè)ANXA1與胰腺癌的增殖和生存有關(guān)狱窘。
為了證明這個假設(shè)杜顺，作者分析了239例TCGA和GSE57495胰腺癌病人的信息。結(jié)果表明蘸炸，ANXA1與EMT而不是angiogenesis密切相關(guān)躬络。高表達的ANXA1與多種胰腺癌通路密切相關(guān)，如缺氧搭儒、TNF-α穷当、NF-κB、MTORC1淹禾、凋亡馁菜、蛋白分泌、糖酵解稀拐、雄激素反應(yīng)等火邓。高表達的ANXA1還與TP53突變、KRAS、p53铲咨、E2F和TGF-β通路等有關(guān)躲胳。高表達的ANXA1還與2型輔助T細胞、高級別腫瘤纤勒、MIK67以及不良預后相關(guān)坯苹。最后作者發(fā)現(xiàn)，ANXA1表達與胰腺癌細胞株的吉西他濱摇天、多西他賽和5-氟尿嘧啶耐藥有關(guān)粹湃。
整體路線
結(jié)果
1.ANXA1與EMT和angiogenesis
2.ANXA1與Hallmarks
3.ANXA1與表觀遺傳
4.ANXA1與免疫細胞浸潤（xCell）
5.ANXA1與臨床特征
6.ANXA1與藥物敏感性
總結(jié)
本文是單基因ANXA1分析的教課書級論文，整合GSVA泉坐、GSEA为鳄、表觀遺傳、免疫細胞浸潤腕让、臨床特征和藥物敏感性進行分析孤钦，全面而新穎。
備注：
本文中的表觀遺傳學部分來自The Immune Landscape of Cancer的附件TableS2.
藥物敏感數(shù)據(jù)來自Depmap portal.
