無意中發(fā)現(xiàn)一篇純生信文章面哥，雖然發(fā)表在神刊Medcine逛揩，但還是有一定參考價值的毒租。
PMID: 33879726
知識點
- ECM: extracellular matrix, 細胞外基質惹谐，作者整理了2個ECM相關基因集讽挟，
KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION和KEGG FOCAL ADHESION - Cistrome Center: 由哈佛大學劉小樂團隊開發(fā)嫡纠，旨在明晰transcription factors (TFs)的作用烦租。
- STRING:用于構建蛋白-蛋白互作網絡（protein-protein interaction, PPI）.
- DAVID: 差異基因進行富集分析，類似好用的網站有Enrichr.
- GSEA富集分析除盏，結果篩選條件
NOM P value <.05 and an FDR Q value of <0.25
整體思路
提取ECM相關基因叉橱，差異分析，構建TF-DEG互作網絡者蠕；針對差異基因進行Unicox和Lasso回歸窃祝，構建預后模型，隨后用CGGA數據庫驗證踱侣，并針對預后模型進行周邊分析（GSEA粪小、免疫細胞浸潤、免疫檢查點(PD1, PDL1, LAG3, HAVCR2, BTLA, CTLA4)）抡句。
結果
1.差異分析
對ECM和轉錄因子進行差異分析探膊，并構建TF-DEGs和DEGs互作網絡。
Fig.1
Fig.2
2.基因篩選→模型構建→驗證
Fig.3
Fig.4
Fig.5
3.模型周邊分析
根據風險評分待榔，分為高低兩組逞壁，評價免疫細胞浸潤及與免疫檢查點的關系。
Fig.6
最后進行GSEA富集分析锐锣。
總結
本文依據ECM相關基因構建模型腌闯，并進行驗證，整體思路形成一個閉環(huán)雕憔，不過感覺有點太干姿骏，可以再加些其他內容，比如a.選擇ECM相關基因的原因斤彼；b.模型構建基因（突變分瘦、CNV蘸泻、甲基化，與TNM關系擅腰，CCLE+HPA+CPTAC）; c.模型周邊（TMB,ESTIMATE, mRNAsi, CNV, ATAC-seq, 藥物反應蟋恬，免疫治療反應等）。
參考鏈接：
Identification and validation of a risk signature based on extracellular matrix-related genes in gliomas
