生信地基系列--基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具

經(jīng)常會(huì)碰到不同的基因組assembly版本你画，如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38等等,所以可以通過下面的工具進(jìn)行轉(zhuǎn)換
NCBI官方基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具(一) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
NCBI官方基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具(二) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

（1）Remap
Coordinate remapping service: NCBI (nih.gov)

(2) UCSC的 LiftOver

liftOver進(jìn)行不同版本染色體位置轉(zhuǎn)換 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

hg38Tohg19注釋文件
hg19Tohg38注釋文件

不需要解壓
如果需要其他版本的注釋文件关摇，請(qǐng)見Sequence and Annotation Downloads凿掂，下載對(duì)應(yīng)的liftOver注釋文件即可。

Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver (bioconductor.org)

wget [http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver](http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver)

(3)CrossMap

CrossMap 是用于不同組裝(例如 hg18(NCBI36) < = > hg19(GRCh37))之間的基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換的程序罕模。它支持常用的文件格式，包括 BAM、 CRAM墓懂、 SAM、 Wiggle霉囚、 BigWig捕仔、 BED、 GFF盈罐、 GTF榜跌、 MAF VCF 和 gVCF。

What is CrossMap ? — CrossMap 0.6.0 documentation (sourceforge.net)

pip3 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python3
pip3 install CrossMap --upgrade        #upgrade CrossMap supporting Python3

pip2 install CrossMap  #Install CrossMap supporting Python2.7.*
pip2 install CrossMap --upgrade
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