思維導圖
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測序魔鬼集中營
1.7.1 生信學習【測序類型大雜燴】DAY7.png
正式筆記
1）幾代測序技術和illumina原理見思維導圖
2）數(shù)據(jù)產生
1.7.2 Hiseq 2000測序儀
workflow：
從熒光信號的產生到堿基序列的識別這一過程庭猩，主要包括圖象校正（即空間校正）双戳、cluster識別汹胃、熒光校正（即光學校正）剔蹋、phasing/prephasing（即化學校正）官扣、堿基識別谷炸、PF（Illumina默認的數(shù)據(jù)過濾算法Pass Filtering）懦傍、質量評估等7個步驟
照相機的識別：
利用了CCD相機(1)對每一個簇(cluster)進行識別只锭，確定其坐標；(2)提取每個簇分別在A洒嗤、G、C魁亦、T四個波長的信號強度值渔隶。
- 拍照過程相當耗時，一次循環(huán)所產生的信號需要40分鐘左右才能拍照收集完畢洁奈。使用相機的掃描功能會更快一些间唉。
數(shù)據(jù)量產出：
測序儀搭配了兩個flowcell，簡稱雙流動槽利术。比較經典的Hiseq2500一次能產出700-800Gb數(shù)據(jù)（此處Gb為測序堿基數(shù)呈野，不同于字節(jié)數(shù)的Gb）。
- 關于數(shù)據(jù)轉換印叁，舉個例子比較好理解：以人類基因組為例被冒，包括30億堿基對（bp），測序深度30x的話轮蜕，就會有900億堿基對（=1800億字母）=90G測序量昨悼；900億個堿基對/150（測序策略PE150）=6億條reads(=60Mreads)；6億條reads x 45（reads長度）= 2700億 字母跃洛；
每個字母=1字節(jié)率触，換算成計算機大小就是：2700億字節(jié)/（1024 x1024 x1024）=192.7837G存儲（非常大的數(shù)據(jù)量了）
給未來的問題
- 為什么測序中讀取index 就能提高效率知道其來自何處。
- 接頭的設計和連接原理汇竭。
- 測序技術原理及常用數(shù)據(jù)格式簡介有哪些葱蝗？
- 如何進行數(shù)據(jù)分析？
參考：
生信公眾號 生信星球 教程
【陳巍學基因】視頻1：Illumina測序化學原理
《測序的世界》 劉小澤 的簡書
