- 能量最小化不夠次酌，增加minimize的步數辖所。能量最小化3000步一般是足夠的惰说，不必把能量最小化至收斂的情況，那樣意義不大缘回。消除一些明顯不合理的構象就足矣吆视。
- 能量最小化已經充分進行，還出現這個問題酥宴，那么說明模擬計算的步長過大啦吧，這樣導致一些原子會在模擬進算出挨得過近，然后在下一步勢能計算中受到過大的斥力被彈開拙寡，從而產生很高的速度授滓。減小步長即可。這個情況發(fā)生在氣相中較多肆糕，合適的步長是0.5 fs般堆，液相的模擬1- 2 fs 都是合適的。
- 周期邊界的情況下诚啃，如果周期單元的尺寸設置得過小的話淮摔，亦會出現這種情況，應當在元胞間留出適當的空隙绍申。
- 如果周期邊界留出了足夠的空隙仍然無效噩咪，在設置文件中把margin的值設得更大一些，如將其值設置為3极阅。
轉-NAMD中原子速度過快的問題
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