起因是有幾千個基因飒赃，想要和參考基因組進行比較利花，看看2個菌在基因個數(shù)上有什么差異科侈，因此就想到了blast，但是使用blast后炒事，輸出的結(jié)果非常多臀栈，對于不精通python的來說，處理結(jié)果就非常令人頭痛挠乳，因此不得不去查閱权薯，最終找到解決辦法，使得輸出結(jié)果能夠僅輸出一條最為匹配的睡扬，而不是輸出一堆盟蚣。
前面建庫有非常多的文章介紹，我這里就不重復(fù)了卖怜，下面會給出三條命令屎开，自己試試看你個最合適，若是還不合適马靠，你需要特定的參數(shù)奄抽，最好自己去查閱blast的說明和參數(shù)詳解，并自己去嘗試甩鳄，雖然看似花時間逞度，但有可能是最快的方法。
一般的用
blastn -query input.cds.fa（輸入文件） -db refgenomic（庫名） -max_target_seqs 1 -outfmt 6 -num_threads 6 -out out_file（輸出文件）
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blastn -query input.cds.fa（輸入文件） -db refgenomic（庫名） -max_target_seqs 1 -evalue 1e-6 -outfmt 6 -num_threads 6 -out out_file（輸出文件）
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我自己文件的
最優(yōu)解娩贷，輸出結(jié)果是一條一條的第晰，沒有冗余
blastn -query input.cds.fa（輸入文件） -db refgenomic（庫名） -outfmt 6 -max_hsps 1 max_target_seqs 1 -num_threads 6 -out out_file（輸出文件）
輸出的6的格式 沒有表頭，在這里提一下
Query_id Subject_id %_identity alignment_length mismatches gap_openings q. start q. end s. start s. end e-value bit_score
