PMID: 33839701
發(fā)表雜志：Aging (Albany NY)
知識(shí)點(diǎn)
- IFN-γ: Interferon-gamma,干擾素-γ频祝。
背景
在細(xì)胞因子如IL-2、IL-12等的誘導(dǎo)下，干擾素-γ絕大多數(shù)由CD4+T細(xì)胞塘揣、CD8+T細(xì)胞辛掠、NK細(xì)胞，少部分由B細(xì)胞和APC產(chǎn)生进陡。主要功能包括免疫調(diào)節(jié)愿阐、抗病毒等，也可對(duì)自身免疫產(chǎn)生抑制性調(diào)節(jié)或發(fā)揮抗腫瘤作用趾疚。
摘要
首先從GSEA下載HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE的200個(gè)基因列表缨历，并進(jìn)行unicox篩選得到24個(gè)基因。針對(duì)24個(gè)基因分析其表達(dá)糙麦、突變辛孵、相關(guān)性及蛋白互作，且根據(jù)24個(gè)基因能將LUAD分為兩個(gè)亞型赡磅，亞型與預(yù)后關(guān)系顯著魄缚。隨后，根據(jù)24個(gè)基因表達(dá)情況焚廊，通過LASSO回歸構(gòu)建預(yù)后模型冶匹，并在GSE72094中驗(yàn)證。最后進(jìn)行模型周邊分析咆瘟，a.差異分析; b.GSVA富集分析; c.免疫細(xì)胞浸潤(rùn); d.免疫檢查點(diǎn)分析嚼隘。
整體思路
結(jié)果
1. IFN-γ相關(guān)基因mRNA和基因突變
2.PPI+相關(guān)性分析
3.一致性聚類
針對(duì)24個(gè)預(yù)后相關(guān)基因進(jìn)行聚類，并進(jìn)行預(yù)后分析袒餐，再次說明基因的重要性飞蛹。
4.模型構(gòu)建及驗(yàn)證
5.模型周邊分析
總結(jié)
本文從IFN-γ反應(yīng)相關(guān)基因出發(fā)谤狡，先進(jìn)行預(yù)后分析，再針對(duì)預(yù)后顯著基因常規(guī)表達(dá)卧檐、預(yù)后墓懂、模型構(gòu)建及周邊分析。個(gè)人感覺比較出彩的地方是泄隔，a.IFN-γ相關(guān)基因這個(gè)出發(fā)點(diǎn)比較好拒贱，b.最后進(jìn)行模型周邊分析，免疫7 metagenes佛嬉，免疫檢查點(diǎn)逻澳，免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析。
