- protein-protein interaction
系統(tǒng)發(fā)育譜法：假定功能相關(guān)的基因哥遮，在一組完全測序的基因組中預(yù)測同時存在或不存在，這種模式被稱作系統(tǒng)發(fā)育譜陵究。如果兩個基因眠饮，它們的序列沒有沒有同源性，但它們的系統(tǒng)發(fā)育譜一致或相似铜邮，可以推斷他們在功能上相關(guān)仪召。
基因鄰域法：在細(xì)菌基因組中，功能相關(guān)的基因緊密連鎖地存在于一個特定區(qū)域松蒜，構(gòu)成一個操縱子扔茅，這種基因鄰接關(guān)系，在物種演化過程中具有保守性秸苗，可以作為基因產(chǎn)物之間功能關(guān)系地指示召娜。
基因融合法：由于在物種演化過程中發(fā)生基因融合事件，一個物種地兩個或多個相互作用蛋白惊楼，在另一個物種中融合成為一條多肽鏈玖瘸，因而基因融合事件可以作為蛋白質(zhì)功能相關(guān)和相互作用的指示
協(xié)同進(jìn)化法：功能相關(guān)的蛋白質(zhì)，其進(jìn)化過程保持一致胁后，即呈現(xiàn)共進(jìn)化特征。通過構(gòu)建和比較它們的系統(tǒng)發(fā)育樹嗦枢，若發(fā)現(xiàn)樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)顯示相似性攀芯，則可推斷功能相關(guān)。
蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫文虏，分類法
- protein function prediction
基于序列的功能預(yù)測：許多功能可直接從蛋白質(zhì)序列預(yù)測出來侣诺。例如，疏水性信息可被用于跨膜螺旋的預(yù)測氧秘。
基于結(jié)構(gòu)的功能預(yù)測：從3D結(jié)構(gòu)中衍生了多種預(yù)測方法結(jié)構(gòu)基序是存在于幾個相關(guān)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中一個蛋白的三維亞結(jié)構(gòu)年鸳，它與功能息息相關(guān)
基于Motif的功能預(yù)測：同一motif中的蛋白質(zhì)成員更加可能擁有最短的路徑距離譜
系統(tǒng)發(fā)育譜分析，系統(tǒng)級功能推斷
