2019-12-03 11:30
<article class="article" id="mp-editor" style="display: block; border: 0px; margin: 0px; padding: 5px 0px 0px; font-size: 16px; color: rgb(25, 25, 25); line-height: 1.9; overflow: hidden auto; box-sizing: border-box; outline: 0px; tab-size: 4; text-align: left; overflow-wrap: break-word; width: 640px; font-family: "PingFang SC", Arial, 微軟雅黑, 宋體, simsun, sans-serif; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;">
這兩天兼搏，一則“《自然》子刊：癌癥患者血液中大部分突變不是來(lái)自于癌細(xì)胞泉粉！MSKCC團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)连霉，癌癥患者血液中一半以上的突變來(lái)自于白細(xì)胞”文章引爆小編朋友圈，不少臨床專家來(lái)問(wèn)小編嗡靡，這是什么大新聞跺撼，我以前的患者血檢報(bào)告不會(huì)都不可信吧？大家且不急讨彼，聽我們慢慢分析這篇《自然》子刊背后的科學(xué)解法歉井。
劃重點(diǎn)
1. 克隆性造血是大新聞？其實(shí)早在2017年ASCO哈误，GRAIL公司就發(fā)表了克隆性造血突變相關(guān)內(nèi)容哩至，因此腫瘤行業(yè)，特別是液體活檢從業(yè)公司應(yīng)該早已熟悉這個(gè)“大新聞”里面的知識(shí)黑滴；
2. 克隆性造血負(fù)荷與年齡正相關(guān)憨募，年齡越大可能攜帶更多的克隆性造血；
3. 莫慌袁辈！ 克隆性造血分布有一定的規(guī)律菜谣，很少會(huì)影響到用藥靶點(diǎn)相關(guān)基因；
- 對(duì)于受克隆性造血影響很大的bTMB和MRD，我們必須通過(guò)白細(xì)胞對(duì)照以及生信算法等方法將克隆性造血過(guò)濾尾膊，消除干擾媳危。
什么是克隆性造血
我們先來(lái)回顧下克隆性造血是什么？克隆性造血是造血干細(xì)胞亞克隆所攜帶的突變冈敛，它具有以下特點(diǎn)：
突變豐度低待笑，90%的克隆性造血豐度<1%，跟來(lái)源于生殖細(xì)胞的胚系突變具有顯著差異抓谴，胚系突變突變豐度一般在50%或者100%左右;
克隆性造血的負(fù)荷與年齡的增長(zhǎng)呈正相關(guān)暮蹂；
正常人和患者之間通常沒(méi)有顯著差異，且具有個(gè)體特異性癌压，因此必須通過(guò)同深度配對(duì)白細(xì)胞進(jìn)行過(guò)濾仰泻；
克隆性造血帶有的基因變異一般是非惡性的。
大家最近對(duì)克隆性造血的關(guān)注源于《自然醫(yī)學(xué)》雜志11月25號(hào)發(fā)布的紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥中心（MSKCC）和GRAIL公司聯(lián)合研究團(tuán)隊(duì)的文章《超高深度測(cè)序揭示血液循環(huán)cfDNA變異來(lái)源》滩届。文章發(fā)現(xiàn)集侯，絕大多數(shù)cfDNA突變（對(duì)照組81.6%，癌癥患者53.2%）具有與克隆性造血一致的特征帜消，揭示了克隆性造血是一種普遍的生物學(xué)現(xiàn)象棠枉，并強(qiáng)調(diào)匹配cfDNA-白細(xì)胞測(cè)序?qū)?zhǔn)確解讀檢測(cè)結(jié)果的重要性。
深度解析
1. 克隆性造血不是****“大新聞”
2017年ASCO泡挺，MSKCC和GRAIL公司就發(fā)表了一篇關(guān)于“許多cfDNA突變?cè)从诳寺⌒栽煅钡腜oster辈讶；2018年ASCO，相關(guān)內(nèi)容進(jìn)行了兩篇oral匯報(bào)粘衬。因此荞估，小編相信咳促，液體活檢從業(yè)公司應(yīng)該已經(jīng)非常熟悉克隆性造血這個(gè)概念稚新，也很清楚它對(duì)cfDNA檢測(cè)結(jié)果的影響，并通過(guò)一系列措施使其對(duì)于腫瘤檢測(cè)結(jié)果的干擾降到最低跪腹。
Presented By Charles Swanton at 2018 ASCO Annual Meeting（左）褂删；Presented By Ahmet Zehir at 2018 ASCO Annual Meeting（右）
2. 克隆性造血對(duì)靶向治療的影響铺敌？——對(duì)靶向治療相關(guān)基因影響小
從目前液體活檢在腫瘤領(lǐng)域應(yīng)用最為廣泛的一個(gè)場(chǎng)景——指導(dǎo)靶向治療（如NSCLC常見的的EGFR站故、ALK、NTRK等基因）來(lái)說(shuō)捅伤，克隆性造血突變分布有一定的規(guī)律轴术，幾乎不會(huì)影響到用藥靶點(diǎn)相關(guān)基因：
《自然醫(yī)學(xué)》文章相關(guān)數(shù)據(jù)檢出的克隆性造血突變基因（很少有靶向治療相關(guān)基因）
同時(shí)难衰，小編整理了燃石醫(yī)學(xué)內(nèi)部近一千個(gè)樣本的克隆性造血突變并分析（OncoScreen PlusTM520基因Panel），發(fā)現(xiàn)基因分布結(jié)果與《自然醫(yī)學(xué)》文章結(jié)果一致逗栽，即：克隆性造血突變對(duì)靶向治療基因影響很小****盖袭，主要發(fā)生在DNMT3A、TET2等與靶向治療無(wú)關(guān)的基因。
燃石醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)克隆性造血突變分布情況
《自然醫(yī)學(xué)》文章VAFs分布情況
紅點(diǎn)：克隆性造血突變鳄虱，在cfDNA和WBC中突變豐度很接近弟塞；
藍(lán)、黃點(diǎn)：cfDNA和腫瘤組織一致都攜帶的突變拙已，即腫瘤體細(xì)胞突變决记；
綠點(diǎn)：是WBC和腫瘤組織都不攜帶，只有cfDNA攜帶的突變倍踪。這些突變推測(cè)是腫瘤異質(zhì)性導(dǎo)致的系宫，組織取材沒(méi)取到的、其他腫瘤細(xì)胞攜帶的突變
→ 我們看到建车，這些檢出的克隆性造血突變我們可以通過(guò)白細(xì)胞對(duì)照以及生信算法過(guò)濾笙瑟，最終不會(huì)在檢測(cè)報(bào)告中體現(xiàn)。
3. 克隆性造血對(duì)bTMB或MRD影響很大癞志，必須通過(guò)特定的手段和算法來(lái)消除其影響往枷！
在大家都非常關(guān)注的免疫治療領(lǐng)域，由于TMB的計(jì)算方法凄杯， 我們要納入所有突變错洁，所以克隆性造血 如果造成干擾則會(huì)有很大影響！在第2點(diǎn)中戒突， 《自然醫(yī)學(xué)》文章列出了可以通過(guò)白細(xì)胞對(duì)照以及生信算法過(guò)濾屯碴，在晚期患者的血檢中，尤其是需要評(píng)估bTMB時(shí)膊存，****必須采用同等深度的白細(xì)胞對(duì)照檢測(cè)****——****這也是燃石醫(yī)學(xué)一直以來(lái)的做法****导而。
另一個(gè)克隆性造血會(huì)造成很大影響的是微小殘留病灶（MRD）。MRD近今年在早期腫瘤患者逐漸受到關(guān)注隔崎，由于cfNDA較少而需要極高的測(cè)序深度今艺，并且MRD會(huì)關(guān)聯(lián)所有突變而非僅用藥相關(guān)突變，我們同樣必須采取有效措施將其過(guò)****濾****——MRD監(jiān)測(cè)大部分情況下會(huì)有手術(shù)組織作為基線爵卒，燃石醫(yī)學(xué)的做法是UMI技術(shù)配合30000x以上超高深度測(cè)序虚缎，利用腫瘤組織篩選過(guò)濾。
同時(shí)钓株，這篇《自然醫(yī)學(xué)》文章再一次佐證了血液檢測(cè)的一個(gè)優(yōu)勢(shì)：克服腫瘤異質(zhì)性实牡；文章進(jìn)行探索性分析，以確定是否可以僅使用cfDNA檢測(cè)結(jié)果定義TMB轴合、突變特征和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)创坞。如bTMB評(píng)估，通過(guò)白細(xì)胞同等深度測(cè)序的過(guò)濾受葛，cfDNA共鑒定出10例高bTMB的樣本题涨，腫瘤組織共鑒定出6例高TMB豪椿，兩者只有4例樣本重疊，其可能的解釋是携栋，cfDNA可以更好的克服腫瘤的空間異質(zhì)性搭盾，檢出腫瘤組織活檢發(fā)現(xiàn)不了的亞克隆突變。
4. 嚴(yán)格質(zhì)控婉支，規(guī)范前行
寫到這里鸯隅，大家大概都清楚了幾個(gè)重點(diǎn)：
克隆性造血對(duì)靶向治療影響小，但對(duì)MRD及bTMB影響很大向挖；
晚期患者血檢尤其是評(píng)估bTMB時(shí)必須采用同等深度的白細(xì)胞對(duì)照檢測(cè)蝌以，而早期患者術(shù)后MRD監(jiān)測(cè)則可采用腫瘤組織或同等深度的白細(xì)胞對(duì)照，前者未來(lái)可能有通過(guò)優(yōu)化算法去除白細(xì)胞的解決方案何之，但后者目前無(wú)其他解決方法跟畅；
而這2點(diǎn)正是燃石相應(yīng)產(chǎn)品一直的做法——早期患者采用UMI技術(shù)配合30000x超高深度測(cè)序；晚期患者cfDNA檢測(cè)配合同等深度白細(xì)胞對(duì)照溶推，同時(shí)徊件，燃石每一份報(bào)告都顯示詳細(xì)的質(zhì)控參數(shù)（包括本文一直提及的測(cè)序深度），希望做“行業(yè)看得見的質(zhì)控”蒜危，提供精準(zhǔn)可靠的NGS檢測(cè)結(jié)果虱痕！
小編也深感測(cè)序行業(yè)的規(guī)范，嚴(yán)謹(jǐn)對(duì)于患者的重要性辐赞，希望患者能選擇更為靠譜的測(cè)序機(jī)構(gòu)部翘，也呼吁行業(yè)能越來(lái)越走向規(guī)范。目前响委，行業(yè)各種質(zhì)量問(wèn)題與惡性競(jìng)爭(zhēng)同樣存在新思，但我們可以看出政府和相關(guān)機(jī)構(gòu)正在積極擁抱技術(shù)的發(fā)展，高度認(rèn)可NGS的臨床價(jià)值赘风，并進(jìn)行相應(yīng)的行業(yè)規(guī)范化管理夹囚，期待未來(lái)，大家共同營(yíng)造一個(gè)規(guī)范前行贝次、良性循環(huán)的大環(huán)境崔兴。
參考文獻(xiàn)
Razavi, P., Li, B.T., Brown, D.N, et al. High-intensity sequencing reveals the sources of plasma circulating cell-free DNA variants[J]. Nature medicine, 2019. doi:10.1038/s41591-019-0652-7
來(lái)源：燃石醫(yī)學(xué) 2019-11-28
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