一）創(chuàng)建一個新的R環(huán)境
conda create -n R4.2? # 創(chuàng)建名為R3.5的環(huán)境
source activate R4.2? #激活環(huán)
conda install r-base=4.2.1? #安裝R 指定為R版本
conda search -f? ####搜R包是否存在
conda remove --name R4.2 --all #移除R環(huán)境
conda info--envs # 查看目前的conda環(huán)境
######如果想指定鏡像安裝可以使用? conda create -c "? " -n R4.2 r-base=4.2.1
二）R包的安裝
#source activate R4.2? #激活R環(huán)境
#export PATH=~/miniconda3/envs/R4.2/bin/:$PATH
1）install.packages("“)安裝
存儲R包的網(wǎng)站主要有兩個：CRAN和Bioconductor竭宰。CRAN網(wǎng)站（https://cran.r-project.org/）是一個非常眾多包的網(wǎng)站，幾乎所有R的基礎(chǔ)性包都可以在上面下載，其安裝一般采用install.packages("“)進行安裝宠能，安裝的時候會選擇相應(yīng)區(qū)域的鏡像即可畜疾。以安裝ggplot2包為例：
which R? #####查看下R路徑细卧，確認(rèn)R包安裝路徑是否正確迄靠。敲R，或全路徑進入R
install.packages(“ggplot2”)
install.packages("remotes",lib="/share/nas5/malm/tools/software/miniconda3/lib/R/library") ####指定安裝包到某路徑下稚瘾，一般是在使用沒有寫權(quán)限的R進行安裝時
install.packages("packages","repos" CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",lib="/lib/path") #####如果沒有自己想要的鏡像，也可自己指定（在R官網(wǎng)中可查鏡像https://cran.r-project.org/mirrors.html）姚炕。
.libPaths() ####查看包的安裝路徑
另一個是Bioconductor摊欠，專門收集生物信息分析軟件包的網(wǎng)站，以GenomicRanges為例展示此網(wǎng)站包的安裝方法：
install.packages("BiocManager")? ? ? ?
BiocManager::install(c("GenomicRanges", "SummarizedExperiment"柱宦，"clusterProfiler"))
####remotes::install_github('satijalab/seurat-wrappers',lib="/share/nas5/malm/tools/software/miniconda3/lib/R/library") ###這是另外一個收集R包的網(wǎng)站
2）本地安裝
除了上述兩個網(wǎng)站些椒，我們安裝其它網(wǎng)站上下載的包，可以將相應(yīng)的包下載下來掸刊，然后手動安裝：
install.packages("ggplot2_3.3.0.tar.gz")? ?###install.packages本地安裝
R CMD INSTALL? ~/miniconda3/pkgs/rgeos_0.5-9.tar.gz ###命令行本地安裝
~/miniconda3/envs/R4.2/bin/R CMD INSTALL? --configure-vars="ICUDT_DIR=~/miniconda3/pkgs/" ~/miniconda3/pkgs/stringi_1.7.6.tar.gz? ###icu69下載問題
R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz --library=/your/lib/path? ####本地安裝時可指定安裝庫路徑
3)使用conda安裝R包
conda search -f? |grep "geos"? ####安裝前先使用conda search -f 收縮包的名字
conda install rgeos
mv ~/miniconda3/pkgs/rgeos~/miniconda3/envs/R4.2/lib/R/library/rgeos #####安裝完成需要移動到R包的庫
conda install -c?https://conda.anaconda.org/xxxxx?keras
三）R包的加載
使用包之前必須先加載包免糕，采用的是library()命令。例如：
library(ggplot2)
library("SeuratWrappers",lib.loc="/share/nas5/malm/tools/software/miniconda3/lib/R/library") #####加載其它目錄下的包，可以直接加載被人安裝的R包
使用函數(shù)help()可以查看其中任意函數(shù)的使用文檔信息石窑。例如：
help(package="ggplot2")
####添加R庫路徑到環(huán)境變量
export R_LIBS=/your/R_packages
export R_LIBS=/others/.../R/lib64/R/library #添加環(huán)境變量R的lib路徑牌芋，可以使用別人安裝的包
R中用.libPaths()函數(shù)查看lib路徑，如果有多個lib松逊，install.packages()默認(rèn)是安裝在第一個目錄下躺屁。如果一開始就沒指定R包安裝路徑并配置環(huán)境變量，則默認(rèn)安裝在/your/R/lib64/R/library中经宏。
