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GeneATLAS的數(shù)據(jù)全部來自 UK Biobank 的452,264個英國白人樣本养叛。
總共囊括的表型有778個，位點有三千萬個宰翅。
優(yōu)點
網(wǎng)站所有關聯(lián)分析的summary數(shù)據(jù)都是可以下載的弃甥。
而且提供了所有表型的原始基因型數(shù)據(jù)的曼哈頓圖、imputation的曼哈段圖汁讼、Q-Q Plot
可以說是相當貼心了淆攻。
缺點
不能下載原始基因型數(shù)據(jù)。
樣本是歐洲群體嘿架，可能某些結果在其他群體有差異瓶珊。
這個網(wǎng)站可以下載什么
1. 下載表型數(shù)據(jù)
比如搜索肥胖表型，會出現(xiàn)如下界面：
Manhattan Plot (genotyped)：
Manhattan Plot (imputed)：
Q-Q Plot：
此外耸彪，還提供了計算這個表型所用的樣本信息伞芹。
比如case有多少例，control多少例蝉娜。
男性和女性是否都納入分析唱较。
2. 下載一個或多個variants數(shù)據(jù)
見 search 欄的 by variants
3. 下載一段區(qū)域或者基因數(shù)據(jù)
見 search 欄的 by Region or Gene
4. 下載一個SNP位點的Phewas數(shù)據(jù)
見 search 欄的 Phewas
這個Phewas的意思是通過輸入一個SNP位點，網(wǎng)站會返回這個SNP位點的所有表型的關聯(lián)分析數(shù)據(jù)召川。
5. 下載一段區(qū)域的Phewas數(shù)據(jù)
見 search 欄的 Region Phewas
意思同4绊汹，只不過這個選項是搜索一段區(qū)域。
6. 通過P值的閾值篩選扮宠，下載數(shù)據(jù)
見 search 欄的 By significance
好了西乖，今天就講到這里，趕快試一下吧坛增，難道你不好奇你研究的遺傳位點/基因對700多個表型有沒有貢獻嗎获雕，又或者你研究的表型的遺傳位點是什么？
試試收捣，又花不了多少時間届案。
GeneATLAS網(wǎng)站在這：
http://geneatlas.roslin.ed.ac.uk/
此篇文章感謝bio生物信息群成員王靜小伙伴提供的信息。
