作者，Evil Genius
我們今天要實現(xiàn)的目標(biāo)是噪猾，依據(jù)細胞鄰域的不同進行細胞類型的分層聚類霉祸。
我們在分析高精度平臺的時候，通過基礎(chǔ)分析袱蜡，會拿到聚類結(jié)果丝蹭，經(jīng)過注釋之后，會獲得細胞身份坪蚁，那么下一步要做的奔穿，通常就是同一細胞類型的異質(zhì)性問題,也就是再分群，比如T細胞敏晤，再分群分成了5個群贱田，每個群都有其不同的位置和功能。
從空間的角度來看嘴脾，為了分析細胞亞群男摧，有兩種做法， 一種類似單細胞译打，對同一細胞類型直接進行再分群耗拓，本質(zhì)上是細胞類型內(nèi)部基因表達上有差異，但是在空間上運用場景有限制奏司，必須是高通量平臺才可以乔询，比如Stereo-seq、HD韵洋、5000+panel的Xenium等（這里說的基礎(chǔ)分析需要做圖像分割竿刁，得到單細胞級別的空間矩陣），但是對于低panel的不適用搪缨。
第二種食拜，也就是今天我們的重點，也是高精度平臺普遍適用的方法勉吻，依據(jù)鄰域再分群（也被稱為分層分析）监婶，比如T細胞分亞群旅赢，不是根據(jù)T細胞的表達差異齿桃，而是T細胞所處環(huán)境的差異惑惶。這里也包括兩種情況，高通量平臺可以依據(jù)分子鄰域或者細胞鄰域再分群短纵，低panel可以依據(jù)細胞鄰域再分群带污。
