OSC_methylation_signature_202004
題目：A five-DNA methylation signature act as a novel prognostic biomarker in patients with ovarian serous cystadenocarcinoma
雜志：Clinical Epigenetics
發(fā)表時間：16 November 2018
文獻背景
卵巢癌是女性生殖系統(tǒng)中最致命的腫瘤萄凤，也是美國女性癌癥死亡的第五大原因星立。由于缺乏治療選擇的生物標志物芬骄，預后很差。而卵巢漿液性膀胱腺癌（OSC）約占所有卵巢癌的90％突琳，盡管近幾十年來治療技術的進步大大改善了平均存活時間，治愈率卻保持相對不變符相，被診斷為卵巢癌的婦女5年生存率仍低于50%（47%）拆融。
眾所周知，DNA甲基化與卵巢癌有關啊终，在篩查疾病镜豹，監(jiān)測對治療的反應以及預測預后方面具有巨大的生物標志物的潛力。CpG島的特定子集的甲基化可能對特定的腫瘤發(fā)生過程有影響蓝牲，DNA甲基化異常通常發(fā)生在腫瘤中趟脂，并且被認為是致癌作用中最早的分子特征之一。因此例衍，癌癥甲基化研究在揭示提高生存率的潛在生物標志物方面具有廣闊的前景昔期。 與其他分子標記相比，使用DNA甲基化作為生物標記具有多個優(yōu)勢佛玄，包括體內(nèi)和離體DNA甲基化的相對穩(wěn)定性硼一、僅僅需要少量組織以獲得足夠的DNA進行甲基化分析、定量測定可確保相對和相對準確度梦抢，因為可以將DNA甲基化測量值與絕對參考點進行比較般贼。關于DNA甲基化作為預后生物標志物的潛力的報告越來越多。
因此奥吩，本研究分析了癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫中OSC患者腫瘤組織的全基因組甲基化譜具伍，以確定DNA甲基化生物標記物，從而探討DNA甲基化分析在癌癥預后中的應用圈驼。應用Kaplan-Meier方法和受試者操作特征（ROC）分析探討甲基化生物標志物作為分子預后標志物的潛在臨床意義人芽。
材料與方法
從TCGA數(shù)據(jù)庫下載OSC患者的DNA甲基化數(shù)據(jù)可，獲得了患者的TCGA 甲基化數(shù)據(jù)和相關的臨床信息绩脆。所有DNA甲基化水平均表示為β值萤厅，計算為M /（M + U），其中M是來自甲基化珠子的信號靴迫，U是來自目標CpG位點的未甲基化珠子的信號惕味。 僅選擇包括其臨床生存信息的患者在內(nèi)的數(shù)據(jù)來分析DNA甲基化水平與OSC相應生存之間的相關性。 考慮到G1玉锌，GB和GX中的腫瘤可能具有不同的生物學行為名挥，因此將其排除在本研究之外。 最終主守，這項研究包括551個包含27,578個DNA甲基化位點信息的樣品禀倔，每個樣品的相應臨床信息也可從TCGA數(shù)據(jù)庫中獲得榄融。 根據(jù)TCGA系列編號，將這551個樣本分為訓練數(shù)據(jù)集（前三分之二）和驗證數(shù)據(jù)集（剩余的三分之一）救湖。 訓練數(shù)據(jù)集用于識別和構(gòu)建預后生物標志物愧杯，驗證數(shù)據(jù)集用于驗證生物標志物在預測生存率方面的準確性，從而確定潛在的臨床預測價值鞋既。
主要結(jié)果
臨床基線資料表力九，實現(xiàn)起來很簡單，Excel邑闺、SPSS跌前、R都可以
Table 1
在訓練數(shù)據(jù)集中識別與患者OS相關的DNA甲基化標記
首先用單因素cox回歸識別了1630個DNA甲基化位點與患者的OS顯著相關，隨后對這DNA甲基化位點進行了多元Cox回歸陡舅，逐步回歸和篩選舒萎，最終確定風險比模型由5個甲基化位點組成，Risk score = ? 1.034 × β value of cg05254747 + 2.433 × β value of cg13652336 + 1.552 × β value of cg25123470 + 2.284 × β value of cg06038133–1.030 × β value of cg04907664蹭沛，5個位點所對應的基因為SLC39A14, PREX2, KCNIP2, CORO6,和EFNB1臂寝，將樣本分為高低風險組
測試集中驗證5個甲基化特征
訓練集及測試集中展示高低風險分組對于os的影響，順帶分別展示了下5個DNA甲基化位點的差異表達情況
在不同亞組中驗證下5個DNA甲基化標記的預測性能
五種DNA甲基化標記與其他已知的預后生物標記物的比較
這個應該算是文章的一個亮點了
作者通過查閱文獻找了以前的已知的biomarker摊灭，在自己的測試集中進行了相關的預后ROC繪制咆贬，與5個DNA甲基化的擬合診斷效能進行了比較
討論
在本研究中，基于全基因組DNA甲基化分析（使用Cox回歸和ROC分析）帚呼，預測了與OSC患者的OS顯著相關的五DNA甲基化標記掏缎。 在區(qū)分低風險和高風險組以及具有顯著P值的相關對數(shù)秩檢驗中，五DNA甲基化標記也表現(xiàn)良好煤杀，表明按年齡眷蜈，F(xiàn)IGO階段， 組織學分級以及減瘤手術后的殘留疾病沈自。 此外酌儒，在訓練和驗證數(shù)據(jù)集中，對五個單獨的甲基化位點的單變量Cox回歸和Kaplan-Meier分析的結(jié)果不如對這五個DNA甲基化位點的組合那樣好枯途。 甲基化位點的組合可能為OSC患者提供更好的潛力來完成更敏感和更具體的預后測試忌怎。
然后作者總結(jié)了下這篇文章的缺陷，經(jīng)過分析發(fā)現(xiàn)酪夷，這5個甲基化跟所對應的關系并不強榴啸，僅SLC39A14和CORO6的表達分別與cg05254747和cg06038133位點的甲基化水平顯著相關，建議聯(lián)合mRNA和甲基化分析晚岭，找到更好的預后生物標志物鸥印。
2019年甲基化聯(lián)合mRNA分析的高分文章也就多了起來！亞軍可以嘗試解讀一篇相關文獻哈！
個人見解
雜志分析
這個雜志2019—目前位置共發(fā)表13篇生信文章（**見文末****）库说，全都跟甲基化相關狂鞋，可以看出比較偏好甲基化的文章，與雜志名字很呼應璃弄，發(fā)文不多要销，質(zhì)量還可以构回，畢竟上了5分夏块，機器學習加上我們也還是有機會的哈！
個人說
最開始看到這篇文章纤掸，覺得沒有什么新意脐供，單從題目上看這就是傳統(tǒng)的預后類文章，可這篇文章為什么可以發(fā)到6分呢借跪？我覺得主要的原因有兩個：
首先：2018年之前大部分的生信分析是基于基因表達量來做文章政己，或者說是mRNA、microRNA掏愁、lncRNA等歇由，但是，這篇文章做到了表觀遺傳層面果港，用甲基化來構(gòu)建生存模型沦泌，而且這篇文章發(fā)表在2018年，當時算是比較新穎的思路了
進行其次就是最后那一張圖片應該是文章的一個亮點辛掠，將文章所建立的甲基化預測模型谢谦，和已經(jīng)報道過的該疾病的模型一個個進行比較，這個在我們之前的模型文章中很少有看到萝衩，大家一般都是建立一個模型回挽，然后測試集跟驗證集中ROC值較高，就可以了猩谊，討論中加入相應的文獻就已經(jīng)算是寫的好的討論了千劈，而這篇文章則是對其他的marker直接在自己圖中進行比較，突出自己模型的優(yōu)越性牌捷，證據(jù)更強點队塘，怕就怕在自己模型中與之前建的模型相比AUC差別太大，就會有點尷尬了宜鸯。
這篇文章雖然是利用TCGA數(shù)據(jù)庫中的DNA甲基化數(shù)據(jù)來灌水的文章憔古，但是發(fā)個6分也很不容易，值得大家學習淋袖。
- Jiao, X.; Zhang, S.; Jiao, J.; Zhang, T.; Qu, W.; Muloye, G.M.; Kong, B.; Zhang, Q.; Cui, B. Promoter methylation of SEPT9 as a potential biomarker for early detection of cervical cancer and its overexpression predicts radioresistance. Clin Epigenetics 2019, 11, 120.
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作者：解琪琪
鏈接：http://www.reibang.com/u/bcb81276c29d
來源：簡書
參考文獻：Guo, W.; Zhu, L.; Yu, M.; Zhu, R.; Chen, Q.; Wang, Q. A five-DNA methylation signature act as a novel prognostic biomarker in patients with ovarian serous cystadenocarcinoma. Clin Epigenetics 2018, 10, 142.
