這是一篇今年4月25日發(fā)表在BMC Plant Biology(的NAC轉(zhuǎn)錄因子家族分析文章灾锯,文章內(nèi)容很簡(jiǎn)單蛙卤,一起來看一下具體內(nèi)容:
說起基因家族分析煮甥,不外乎以下分析內(nèi)容:
1鬓照、搜索基因家族成員蛋白保守結(jié)構(gòu)域乞榨,鑒定基因家族成員秽之;
2、預(yù)測(cè)基因家族成員的順勢(shì)作用元件吃既;
3考榨、構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育樹;
4鹦倚、基因家族成員MOTIF分析及繪圖河质;
5、基因結(jié)構(gòu)圖震叙;
6掀鹅、基因在染色體上的位置圖;
7媒楼、MCScanX共線性分析淫半,繪制基因組內(nèi)基因家族成員共線性circos圖;
8匣砖、計(jì)算串聯(lián)重復(fù)基因的KA/KS;
9昏滴、選定的其他物種進(jìn)行基因家族成員同源性分析猴鲫;
10、結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)繪制該基因家族的表達(dá)量熱圖谣殊。
那么說到這篇NAC轉(zhuǎn)錄因子家族文章拂共,都做了哪些工作呢?
一姻几、NAC家族基因鑒定
二宜狐、NAC家族基因結(jié)構(gòu)和motif分析
三、NAC家族系統(tǒng)發(fā)育分析
四蛇捌、和其他物種的同源性分析
五抚恒、NAC家族加倍事件分析和共線性分析
六、KA/KS分析NAC家族重復(fù)事件
七络拌、結(jié)合干旱和冷脅迫下轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行NAC家族基因表達(dá)分析俭驮,并分別挑選基因進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)
以上即是該文章的所有實(shí)驗(yàn)和分析內(nèi)容,最后加上相應(yīng)的討論,一篇3分2區(qū)的文章就完成了混萝,是不是很簡(jiǎn)單遗遵?
總的來說,這篇文章的分析內(nèi)容比較常規(guī)(全部包含在我們列出的10條分析內(nèi)容之中)逸嘀,實(shí)驗(yàn)方面還是以定量驗(yàn)證為主车要。這也說明基因家族分析類文章依舊火熱,并不過時(shí)崭倘,不過想發(fā)這類文章的朋友還是得抓緊了翼岁。
《基因家族分析》課程鏈接:
https://study.163.com/course/introduction/1209048893.htm?share=1&shareId=1031484705
更多生物信息課程:
1. 文章越來越難發(fā)?是你沒發(fā)現(xiàn)新思路绳姨,基因家族分析發(fā)2-4分文章簡(jiǎn)單快速登澜,學(xué)習(xí)鏈接:基因家族分析實(shí)操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀
2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入飘庄?圖表看不懂脑蠕?點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件,學(xué)習(xí)鏈接:轉(zhuǎn)錄組(有參)結(jié)果解讀跪削;轉(zhuǎn)錄組(無參)結(jié)果解讀
3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA谴仙,提升你的文章檔次,學(xué)習(xí)鏈接:WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘碾盐?學(xué)習(xí)鏈接:轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘晃跺、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀
5.微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制毫玖、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程
6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課掀虎,學(xué)習(xí)鏈接:linux系統(tǒng)使用、perl入門到精通付枫、perl語(yǔ)言高級(jí)烹玉、R語(yǔ)言畫圖
7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程,不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章阐滩,學(xué)習(xí)鏈接:TCGA-差異基因分析二打、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘、GSEA富集分析課程掂榔、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析继效、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
8.其他課程鏈接:二代測(cè)序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析装获、NCBI數(shù)據(jù)上傳瑞信、二代測(cè)序數(shù)據(jù)解讀。