生信 | circos文件準備大全（以擬南芥為例）

一瘪板、寫在前面

$\color{red}{純手擼linux代碼漆诽，首次公開，不依賴SPDE和TBtools或其他語言腳本}$
$\color{red}{學完本教程兰英，你將了解所有能用于circos的數(shù)據(jù)是如何產(chǎn)生的}$
$\color{red}{如果依然沒有你想要的數(shù)據(jù)格式畦贸，請加群說出你的訴求楞捂，我將1天內更新完畢}$
$\color{red}{當然趋厉，需要你有一點點Linux知識觅廓，不過小白也沒事涵但，掉頭發(fā)的事情我已經(jīng)做完了}$
扣扣群：559758504（目前無需驗證，一鍵即可加入）
如果你不想學瞳脓，老板又催著要澈侠，你可以加群私聊我尋求幫助( $ _ $ )，但還是自己學烧栋，知識都是自己的拳球。
實戰(zhàn)代碼，請看：【生信 | Circos實戰(zhàn)】

目前已有格式總結（歡迎補充）：
1.染色體文件
2.統(tǒng)計分隔區(qū)間
3.統(tǒng)計基因密度(序列重復密度/TE轉座子密度/RNA分布密度均同理）
4.統(tǒng)計GC含量
5.統(tǒng)計區(qū)間內基因表達/SNP/peak豐度等（只要能測序的都可以）
6.共線性文件（種內魔吐，種間都可）
7.文字文件（常見基因ID標注）

二莱找、準備工作（可跳過）

1. 安裝必須的軟件（均在conda環(huán)境中安裝）：

安裝Circos、bedtools辞色、BLAST谚赎、pyfaidx、samtools（裝過的conda會自動跳過）

conda install -c bioconda -y circos 
conda install -c bioconda -y bedtools 
conda install -c bioconda -y blast 
conda install -c bioconda -y pyfaidx
conda install -c bioconda -y samtools

安裝MCScanX（要做共線性分析還需要安裝下面的軟件雳灵，不需要則略過）

wget https://archive.fastgit.org/wyp1125/MCScanX/archive/refs/heads/master.zip
unzip master.zip
cd MCScanX-master
make
# 測試安裝是否成功（能打印出來help信息則表示成功）
./MCScanX -h
# 成功則添加到環(huán)境變量
echo 'export PATH=$PATH:'"$(pwd)" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

2. 下載擬南芥genome悯辙，gff3，pep文件

wget https://www.arabidopsis.org/download_files/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_chromosome_files/TAIR10_chr_all.fas
wget https://www.arabidopsis.org/download_files/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_gff3/TAIR10_GFF3_genes.gff
wget https://www.arabidopsis.org/download_files/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_blastsets/TAIR10_pep_20101214_updated
# 微調一些官網(wǎng)上的文件格式
cut -d " " -f1 TAIR10_chr_all.fas | \
awk '{if($0~">"){print $0}else{printf "%s",$1}}' | \
sed 's/>/\n>/g' | grep -A1 -E ">[0-9]" | \
sed 's/>/>Chr/g' > tair10.genome.fa
cut -d " " -f1 TAIR10_pep_20101214_updated.txt > tair10.pep.fa
# 改名并刪除沒用的文件
mv TAIR10_GFF3_genes.gff tair10.gff3
rm TAIR10_chr_all.fas TAIR10_pep_20101214_updated.txt

三针贬、文件準備

先說明一點：circos中的數(shù)據(jù)都以\t分割拢蛋，數(shù)據(jù)表無表頭

1. 染色體文件，格式如下：

前2列：固定為`chr -`快压，表明我們要畫染色體輪廓
第3列：染色體ID垃瞧，像身份證號，`注意：如果ID中除了“_”有其他符號一律會報錯`
第4列：染色體Label脉幢，像人名嗦锐，會顯示在圖上而ID不會
第5列：染色體起始位置
第6列：染色體終止位置
第7列：染色體的顏色奕污，chr1-4,chry代表的都是circos內置顏色的名稱
chr -   Chr1    C1  0   30427671    chr1
chr -   Chr2    C2  0   19698289    chr2
chr -   Chr3    C3  0   23459830    chr3
chr -   Chr4    C4  0   18585056    chr4
chr -   Chr5    C5  0   26975502    chr5

過程

genome=tair10.genome.fa
faidx ${genome} -i chromsizes > tair10.genome.size
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" '{print "chr","-",$1,"C"NR,"0",$2,"chr"NR}' tair10.genome.size > circos.chromosome.txt
cat circos.chromosome.txt
# 結果如上表，由于chr1-5的顏色過于丑陋，因此我們'手動'修改為好看的顏色育灸，
# 后面就可以根據(jù)染色體的顏色對其他物體著色啦，如下：
chr -   Chr1    C1  0   30427671    142,212,202
chr -   Chr2    C2  0   19698289    180,224,101
chr -   Chr3    C3  0   23459830    247,160,151
chr -   Chr4    C4  0   18585056    131,178,210
chr -   Chr5    C5  0   26975502    253,130,115

-vFS="\t"：輸入文件的分隔符\t
-vOFS="\t"：輸出文件的分隔符\t
NR：表示行號儿子，正好可以和染色體的123等對應上砸喻，因此可以拿來用割岛，但是有x,y染色體的時候需要自己再手動調整一下

2. 統(tǒng)計分隔區(qū)間，格式如下：

第1列：染色體ID
第2列：起始分隔點
第3列：終止分割點
Chr1    0   100000
Chr1    100000  200000
Chr1    200000  300000

過程

genomeSize=tair10.genome.size
windowSize=100000
bedtools makewindows -g ${genomeSize} -w ${windowSize} | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" '{print $1,$2,$3}' | \
bedtools sort -i - > ${genomeSize}.100kb

windowSize：要根據(jù)你基因組的大小维咸，動態(tài)調整，因為擬南芥的每條染色體的序列長度都小于5kw瞬哼，因此我這里設置10萬為一個小區(qū)間租副，后面所有的數(shù)據(jù)統(tǒng)計都是基于此區(qū)間統(tǒng)計的，因此合適的區(qū)間選擇十分重要结胀。如果你研究的基因組每個都大于5kw永毅，則可以設置為100萬為一個區(qū)間。
bedtools sort：由于后面要使用bedtools做一些統(tǒng)計着逐，因此需要排序意蛀，不過默認也是排好的，以防萬一秀姐。

3. 統(tǒng)計基因密度若贮，格式如下：

第1列：染色體ID
第2列：在染色體上的起始位置
第3列：在染色體上的終止位置
第4列：區(qū)間內基因的數(shù)目
Chr1    0   100000  29
Chr1    100000  200000  36
Chr1    200000  300000  31

過程

# 定義一些變量谴麦，后面修改方便
gff3=tair10.gff3
genomeSize=tair10.genome.size.100kb
grep '[[:blank:]]gene[[:blank:]]' ${gff3} | \
awk '{print $1"\t"$4"\t"$5}'| \
bedtools coverage -a ${genomeSize} -b - | \
cut -f 1-4 > circos.gene.density.txt
# 按理來說，上面的circos.gene.density.txt已經(jīng)足夠了舷蟀，不過我們可以修改文件批量美化
# 增加第5列面哼，顏色信息（非必須，可選）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" 'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"fill_color="brr[$1]}}' circos.chromosome.txt circos.gene.density.txt > circos.gene.density.color.txt
# 結果文件形式如下
Chr1    0   100000  29  fill_color=142,212,202
Chr1    100000  200000  36  fill_color=142,212,202
Chr1    200000  300000  31  fill_color=142,212,202
Chr1    300000  400000  31  fill_color=142,212,202

FNR：每打開一個文件便重新計數(shù)匈子，而NR會一直累計代乃。推薦閱讀：【awk之NR==FNR問題】

\color{red}{由于統(tǒng)一設置顏色很簡單，而用perl控制顏色又復雜原茅，所以后面就著重講解如何在文件中配置顏色}

再啰嗦一句擂橘，使用這種方法，還可以刻意的突出你想展示的區(qū)域通贞，對于不會perl的同學靈活度很大昌罩，而且還算比較方便

4. 統(tǒng)計GC含量，格式如下：

第1列：染色體ID
第2列：在染色體上的起始位置
第3列：在染色體上的終止位置
第4列：區(qū)間內GC堿基的數(shù)目
Chr1    0   100000  35627
Chr1    100000  200000  37655
Chr1    200000  300000  37903

代碼

genome=tair10.genome.fa
genomeSize=tair10.genome.size.100kb
bedtools nuc -fi ${genome} -bed ${genomeSize} | \
cut -f 1-3,5 | grep -v "#" | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" '{print $1,$2,$3,$4*($3-$2)}' > circos.gc.density.txt
# 同樣在第5列添加和對應染色體相同的顏色（非必須遣总，可選）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t"  'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"fill_color="brr[$1]}}' circos.chromosome.txt circos.gc.density.txt > circos.gc.density.color.txt
# 結果文件形式如下
Chr1    0   100000  35627   fill_color=142,212,202
Chr1    100000  200000  37655   fill_color=142,212,202
Chr1    200000  300000  37903   fill_color=142,212,202

awk：計算GC含量的時候轨功，使用$4*($3-$2)可以有效避免染色體末端含量異常，當然有時候末端比較短依然會有異常值垂券，那僅保留$4再次嘗試一下

$\color{red}{其實菇爪，circos的柱形圖柒昏，熱圖，點圖，折線圖等所需的格式都是相同的诈嘿，因此這里不再展開其他數(shù)據(jù)}$
注：其他格式如奖亚，區(qū)域內基因的表達豐度，SNP豐度昔字，peak的豐度，等等等陨囊，你能轉換為上面的格式就行，算了胁塞，還是再簡單的舉一個基因表達的例子吧

5. 統(tǒng)計區(qū)間內基因表達/SNP/peak豐度等压语，以基因表達為例胎食，格式如下：

第1列：染色體ID
第2列：在染色體上的起始位置
第3列：在染色體上的終止位置
第4列：區(qū)間內基因表達豐度（也就是reads數(shù)目的多少）
Chr1    0   100000  3562
Chr1    100000  200000  3765
Chr1    200000  300000  3790

代碼

# 主要就是對比對后的bam文件，進行的區(qū)間統(tǒng)計
genomeSize=tair10.genome.size.100kb
bam=SRR3081110.bam
samtools index ${bam}
bedtools multicov -bams ${bam} -bed ${genomeSize}  > circos.RNA.level.txt
# 結果文件格式和上面一樣
# 如果還想添加第5列顏色信息衩匣，也可以加上（非必須）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t"  'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"fill_color="brr[$1]}}' circos.chromosome.txt circos.RNA.level.txt > circos.RNA.level.color.txt
# 結果文件形式如下酣倾，一般不用 fill_color，因為豐度一般用熱圖表示最好午绳，所以這一步不用做
Chr1    0   100000  3562   fill_color=142,212,202
Chr1    100000  200000  3765   fill_color=142,212,202
Chr1    200000  300000  3790   fill_color=142,212,202

$\color{red}{其實映之，circos的最后一列可以是可用的任意屬性}$
$\color{red}{不僅可以調fill\ color還可以調color等等，凡是屬性的值都能加到最后一列赎败，多個屬性要用【蠢甲，】隔開}$

6. 共線性文件，格式如下：

第1列：染色體ID搞糕，指連線起始的染色體
第2列：連線起始的染色體的起始位置
第3列：連線起始的染色體的終止位置
第4列：染色體ID曼追，指連線的終止染色體
第5列：連線終止的染色體的起始位置
第6列：連線終止的染色體的終止位置
Chr1    6265416 6266937 Chr1    27686992    27688127
Chr1    6331398 6333743 Chr1    27759973    27761588

物種內做共線性
這里不解釋細節(jié)礼殊，看原理戳這里【物種內共線性分析】针史，或有疑問碟狞，加群提出
不過，有一點我再提一下射亏，因為大多數(shù)教程都沒有說，就是不要一味的使用MCScanX+前綴而不自己設定參數(shù)竭业，-k,-g,-s,-m參數(shù)很重要智润，會極大的影響結果，它默認的并不一定是最好的
2021年12月2日更新：for循環(huán)可以并行了未辆，速度提升約100倍窟绷，幾乎秒出結果。

mkdir blastdb
mkdir blastresult
pep=tair10.pep.fa
gff3=tair10.gff3
makeblastdb -in ${pep} -dbtype prot -out ./blastdb/tair10
blastp -query ${pep} -db ./blastdb/tair10 -out ./blastresult/tair10.blast -evalue 1e-10 -num_threads 10 -outfmt 6 -num_alignments 5
# 格式化gff3文件咐柜，后面用的gff3都是格式化好的兼蜈，千萬注意
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" '{if($3=="mRNA"){match($9,/ID=([^;]+)/,a);sub(/ID=/,"",a[0]);print $1,a[0],$4,$5}}' ${gff3} > ./blastresult/tair10.gff
cd blastresult
MCScanX ./blastresult/tair10
# 為了能從collinearity中提取用于circos的數(shù)據(jù)格式，這里講解兩種方法
# 第一種：以單個基因對單個基因來做（比較簡單为狸，但最后circos圖很亂）
cd ./blastresult
grep -v "#" tair10.collinearity | cut -f2,3 | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" 'NR==FNR{arr[$2]=$2;brr[$2]=$1"\t"$3"\t"$4}NR!=FNR{if(arr[$1]==$1)print brr[$1],$2}' tair10.gff - | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" 'NR==FNR{arr[$2]=$2;brr[$2]=$1"\t"$3"\t"$4}NR!=FNR{if(arr[$4]==$4)print $1,$2,$3,brr[$4]}' tair10.gff - > ../circos.link.txt
# 增加顏色信息（非必須，但推薦做）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t"  'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"color="brr[$1]}}' ../circos.chromosome.txt ../circos.link.txt > ../circos.link.color.txt
# 最終文件格式如下
Chr1    6265416 6266937 Chr1    27686992    27688127    color=142,212,202
Chr1    6331398 6333743 Chr1    27759973    27761588    color=142,212,202
Chr1    6336528 6342460 Chr1    27770986    27776857    color=142,212,202
# 第二種：以block來做（使用circos的絲帶效果更好看遗契，更推薦辐棒，但相對來說難理解一點，不過你能跑通就行牍蜂，掉頭發(fā)的事情我來做）
# 你只要是按照上面的流程跑下來的漾根，定義好下面的這兩個變量，直接執(zhí)行for循環(huán)即可
collinearity=tair10.collinearity
gff=tair10.gff
# ------------------------------------------------------------
for i in $(tail -1 ${collinearity} | cut -d "-" -f1);do
for ((j=0;j<=$i;j++));do
{ grep -w "${j}-" ${collinearity} | cut -f2,3 | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" 'NR==FNR{arr[$2]=$2;brr[$2]=$1"\t"$3"\t"$4}NR!=FNR{if(arr[$1]==$1)print brr[$1],$2}' ${gff} - | \
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" 'NR==FNR{arr[$2]=$2;brr[$2]=$1"\t"$3"\t"$4}NR!=FNR{if(arr[$4]==$4)print $1,$2,$3,brr[$4]}' ${gff} - > block.${j}
chr_l=$(head -1 block.${j}|cut -f1)
min_l=$(sort -k2n block.${j}|head -1|cut -f2)
max_l=$(sort -k2nr block.${j}|head -1|cut -f3)
chr_r=$(head -1 block.${j}|cut -f4)
min_r=$(sort -k5n block.${j}|head -1|cut -f5)
max_r=$(sort -k6nr block.${j}|head -1|cut -f6)
echo -e ${chr_l}"\t"${min_l}"\t"${max_l}"\t"${chr_r}"\t"${min_r}"\t"${max_r} >> block.merge; }&
done; wait; clear
cp block.merge ../circos.link.block.txt
rm block.*
echo -e "\033[1;32mSuccess: \033[36m you can find it from [../circos.link.block.txt]\033[0m"
done
# ------------------------------------------------------------
# 最終文件(../circos.link.block.txt)格式如下（可以看出鲫竞，區(qū)間更大了）
Chr1    6265416 7292507 Chr1    27686992    28717416
Chr1    8845231 9469634 Chr1    25524718    26389916
Chr1    5896416 6179289 Chr1    27217477    27603317
# 當然依舊可以增加顏色信息（非必須辐怕，但推薦做）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t"  'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"color="brr[$1]}}' ../circos.chromosome.txt ../circos.link.block.txt > ../circos.link.block.color.txt
Chr1    6265416 7292507 Chr1    27686992    28717416    color=142,212,202
Chr1    8845231 9469634 Chr1    25524718    26389916    color=142,212,202
Chr1    5896416 6179289 Chr1    27217477    27603317    color=142,212,202

物種間做共線性
原理與物種內類似，就是一個建庫从绘，用另一個比對寄疏，然后將二者的處理過的gff文件（不是gff3）合并操作即可，不過為了展示在circos圖上僵井，有一點不太一樣的是赁还，你需要為每一個物種準備上面的所有東西，相信你應該可以觸類旁通驹沿，下面是我簡單做了四個物種間的共線性展示。

7. 文字文件蹈胡，格式如下：

第1列：染色體ID
第2列：在染色體上的起始位置
第3列：在染色體上的終止位置
第4列：基因ID或者其他任何文字均可
hs1 100425066 100487997 DBT
hs1 10381671 10402787 PGD

代碼渊季，這種應該非常簡單朋蔫，你應該能搞定吧

# 首先，這種情況就是你在有一堆基因列表時却汉，想獲取基因區(qū)間的時候用到
# 比如說我先在有以下的基因名(必須保證gff3文件中有你的基因名)
head tair10.gene.list.some.txt
AT1G01010
AT2G01008
AT3G01010
AT4G00005
AT5G01010
# 從gff3中提取基因列表
gff3=tair10.gff3
awk -vFS="\t" -vOFS="\t" '{if($3=="gene"){match($9,/ID=([^;]+)/,a);sub(/ID=/,"",a[0]);print $1,$4,$5,a[0]}}' ${gff3} > ${gff3%%.*}.gene.list.all.txt 
head ${gff3%%.*}.gene.list.all.txt 
Chr1    3631    5899    AT1G01010
Chr1    5928    8737    AT1G01020
Chr1    11649   13714   AT1G01030
Chr1    23146   31227   AT1G01040
# 使用grep提取即可（注意前面一個文件（*some.txt）最后不能有空行驯妄，否則會全部提出來）
grep -f tair10.gene.list.some.txt tair10.gene.list.all.txt > circos.text.txt
# 甚至你想標記顏色的話，還可以添加顏色信息（非必須）
awk -vFS="\t" -vOFS="\t"  'NR==FNR{arr[$3]=$3;brr[$3]=$7}NR!=FNR{if(arr[$1]=$1){print $0,"color="brr[$1]}}' circos.chromosome.txt circos.text.txt > circos.text.color.txt
Chr1    3631    5899    AT1G01010   color=142,212,202
Chr2    1025    2810    AT2G01008   color=180,224,101
Chr3    4342    4818    AT3G01010   color=247,160,151
Chr4    1180    1536    AT4G00005   color=131,178,210
Chr5    1223    5061    AT5G01010   color=253,130,115

四合砂、寫在最后

$\color{red}{遺漏之處青扔，歡迎私信，評論翩伪，或加群提問微猖。}$

最后編輯于：2022.06.02 18:52:05

?著作權歸作者所有,轉載或內容合作請聯(lián)系作者

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惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
文/花漫我一把揭開白布棺榔。她就那樣靜靜地躺著瓶堕，像睡著了一般。火紅的嫁衣襯著肌膚如雪症歇。梳的紋絲不亂的頭發(fā)上郎笆，一...
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城市分裂傳說
那天谭梗，我揣著相機與錄音，去河邊找鬼宛蚓。笑死激捏，一個胖子當著我的面吹牛，可吹牛的內容都是我干的凄吏。我是一名探鬼主播远舅，決...
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雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
文/蒼蘭香墨我猛地睜開眼，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼痕钢！你這毒婦竟也來了图柏？” 一聲冷哼從身側響起，我...
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萬榮殺人案實錄
序言：老撾萬榮一對情侶失蹤盖喷，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎爆办，沒想到半個月后，有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體课梳，經(jīng)...
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?護林員之死
正文獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡距辆，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛以下內容為張勛視角年9月15日...
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?白月光啟示錄
正文我和宋清朗相戀三年，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了暮刃。大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片跨算。...
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活死人
序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡，死狀恐怖椭懊，靈堂內的尸體忽然破棺而出诸蚕，到底是詐尸還是另有隱情，我是刑警寧澤氧猬，帶...
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?日本核電站爆炸內幕
正文年R本政府宣布背犯，位于F島的核電站，受9級特大地震影響盅抚，放射性物質發(fā)生泄漏漠魏。R本人自食惡果不足惜，卻給世界環(huán)境...
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男人毒藥：我在死后第九天來索命
文/蒙蒙一妄均、第九天我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望柱锹。院中可真熱鬧，春花似錦丰包、人聲如沸禁熏。這莊子的主人今日做“春日...
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一樁弒父案邑彪，背后竟有這般陰謀
文/蒼蘭香墨我抬頭看了看天上的太陽瞧毙。三九已至，卻和暖如春，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間宙彪，已是汗流浹背撑柔。一陣腳步聲響...
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情欲美人皮
我被黑心中介騙來泰國打工，沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留您访，地道東北人。一個月前我還...
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代替公主和親
正文我出身青樓剪决，卻偏偏與公主長得像灵汪，于是被迫代替她去往敵國和親。傳聞我的和親對象是個殘疾皇子柑潦，可洞房花燭夜當晚...
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